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- PDB-7ext: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Synechococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ext
タイトルCryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Synechococcus sp. PCC 7002
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 4
  • (C-phycocyanin subunit ...) x 2
  • (Phycobilisome ...) x 3
  • Phycobiliprotein ApcE
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycobilisome / Synechococcus sp. PCC 7002 / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ） / : / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Allophycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin subunit alpha-B / Allophycocyanin subunit beta-18 / Allophycocyanin beta subunit / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Phycobiliprotein ApcE / C-phycocyanin subunit alpha / C-phycocyanin subunit beta / Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zheng, L. / Zheng, Z. / Li, X. / Wang, G. / Zhang, K. / Wei, P. / Zhao, J. / Gao, N.
資金援助1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the mechanism of energy transfer in cyanobacterial phycobilisomes.
著者: Lvqin Zheng / Zhenggao Zheng / Xiying Li / Guopeng Wang / Kun Zhang / Peijun Wei / Jindong Zhao / Ning Gao /
要旨: Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both ...Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both consisting of phycobiliproteins and linker proteins. Here we report the cryo-EM structures of PBS from two cyanobacterial species, Anabaena 7120 and Synechococcus 7002. Both PBS are hemidiscoidal in shape and share a common triangular core structure. While the Anabaena PBS has two additional hexamers in the core linked by the 4th linker domain of ApcE (L). The PBS structures predict that, compared with the PBS from red algae, the cyanobacterial PBS could have more direct routes for energy transfer to ApcD. Structure-based systematic mutagenesis analysis of the chromophore environment of ApcD and ApcF subunits reveals that aromatic residues are critical to excitation energy transfer (EET). The structures also suggest that the linker protein could actively participate in the process of EET in both rods and the cores. These results provide insights into the organization of chromophores and the mechanisms of EET within cyanobacterial PBS.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31373
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B1: C-phycocyanin subunit alpha
C1: C-phycocyanin subunit beta
D1: C-phycocyanin subunit alpha
E1: C-phycocyanin subunit beta
F1: C-phycocyanin subunit alpha
G1: C-phycocyanin subunit beta
H1: C-phycocyanin subunit alpha
I1: C-phycocyanin subunit beta
J1: C-phycocyanin subunit alpha
K1: C-phycocyanin subunit beta
L1: C-phycocyanin subunit alpha
M1: C-phycocyanin subunit beta
N1: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O1: C-phycocyanin subunit alpha
P1: C-phycocyanin subunit beta
Q1: C-phycocyanin subunit alpha
R1: C-phycocyanin subunit beta
S1: C-phycocyanin subunit alpha
T1: C-phycocyanin subunit beta
U1: C-phycocyanin subunit alpha
V1: C-phycocyanin subunit beta
W1: C-phycocyanin subunit alpha
X1: C-phycocyanin subunit beta
Y1: C-phycocyanin subunit alpha
Z1: C-phycocyanin subunit beta
a1: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A2: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B2: C-phycocyanin subunit alpha
C2: C-phycocyanin subunit beta
D2: C-phycocyanin subunit alpha
E2: C-phycocyanin subunit beta
F2: C-phycocyanin subunit alpha
G2: C-phycocyanin subunit beta
H2: C-phycocyanin subunit alpha
I2: C-phycocyanin subunit beta
J2: C-phycocyanin subunit alpha
K2: C-phycocyanin subunit beta
L2: C-phycocyanin subunit alpha
M2: C-phycocyanin subunit beta
N2: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O2: C-phycocyanin subunit alpha
P2: C-phycocyanin subunit beta
Q2: C-phycocyanin subunit alpha
R2: C-phycocyanin subunit beta
S2: C-phycocyanin subunit alpha
T2: C-phycocyanin subunit beta
U2: C-phycocyanin subunit alpha
V2: C-phycocyanin subunit beta
W2: C-phycocyanin subunit alpha
X2: C-phycocyanin subunit beta
Y2: C-phycocyanin subunit alpha
Z2: C-phycocyanin subunit beta
a2: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
03: Phycobiliprotein ApcE
13: Phycobiliprotein ApcE
23: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
33: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
G3: Allophycocyanin alpha subunit
H3: Allophycocyanin beta subunit
I3: Allophycocyanin alpha subunit
J3: Allophycocyanin beta subunit
K3: Allophycocyanin alpha subunit
L3: Allophycocyanin beta subunit
M3: Allophycocyanin beta subunit
N3: Allophycocyanin alpha subunit
O3: Allophycocyanin beta subunit
P3: Allophycocyanin alpha subunit
Q3: Allophycocyanin subunit beta-18
R3: Allophycocyanin alpha subunit
S3: Allophycocyanin beta subunit
T3: Allophycocyanin alpha subunit
U3: Allophycocyanin beta subunit
V3: Allophycocyanin subunit alpha-B
W3: Allophycocyanin beta subunit
X3: Allophycocyanin alpha subunit
Y3: Allophycocyanin beta subunit
Z3: Allophycocyanin alpha subunit
a3: Allophycocyanin beta subunit
b3: Allophycocyanin alpha subunit
c3: Allophycocyanin beta subunit
d3: Allophycocyanin alpha subunit
e3: Allophycocyanin beta subunit
f3: Allophycocyanin alpha subunit
g3: Allophycocyanin subunit beta-18
h3: Allophycocyanin beta subunit
i3: Allophycocyanin alpha subunit
j3: Allophycocyanin beta subunit
k3: Allophycocyanin alpha subunit
l3: Allophycocyanin beta subunit
m3: Allophycocyanin subunit alpha-B
n3: Allophycocyanin beta subunit
o3: Allophycocyanin alpha subunit
p3: Allophycocyanin beta subunit
q3: Allophycocyanin alpha subunit
r3: Allophycocyanin beta subunit
s3: Allophycocyanin alpha subunit
t3: Allophycocyanin beta subunit
u3: Allophycocyanin alpha subunit
v3: Allophycocyanin beta subunit
w3: Allophycocyanin alpha subunit
x3: Allophycocyanin beta subunit
y3: Allophycocyanin alpha subunit
z3: Allophycocyanin beta subunit
A4: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B4: C-phycocyanin subunit alpha
C4: C-phycocyanin subunit beta
D4: C-phycocyanin subunit alpha
E4: C-phycocyanin subunit beta
F4: C-phycocyanin subunit alpha
G4: C-phycocyanin subunit beta
H4: C-phycocyanin subunit alpha
I4: C-phycocyanin subunit beta
J4: C-phycocyanin subunit alpha
K4: C-phycocyanin subunit beta
L4: C-phycocyanin subunit alpha
M4: C-phycocyanin subunit beta
N4: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O4: C-phycocyanin subunit alpha
P4: C-phycocyanin subunit beta
Q4: C-phycocyanin subunit alpha
R4: C-phycocyanin subunit beta
S4: C-phycocyanin subunit alpha
T4: C-phycocyanin subunit beta
U4: C-phycocyanin subunit alpha
V4: C-phycocyanin subunit beta
W4: C-phycocyanin subunit alpha
X4: C-phycocyanin subunit beta
Y4: C-phycocyanin subunit alpha
Z4: C-phycocyanin subunit beta
a4: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A5: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B5: C-phycocyanin subunit alpha
C5: C-phycocyanin subunit beta
D5: C-phycocyanin subunit alpha
E5: C-phycocyanin subunit beta
F5: C-phycocyanin subunit alpha
G5: C-phycocyanin subunit beta
H5: C-phycocyanin subunit alpha
I5: C-phycocyanin subunit beta
J5: C-phycocyanin subunit alpha
K5: C-phycocyanin subunit beta
L5: C-phycocyanin subunit alpha
M5: C-phycocyanin subunit beta
N5: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O5: C-phycocyanin subunit alpha
P5: C-phycocyanin subunit beta
Q5: C-phycocyanin subunit alpha
R5: C-phycocyanin subunit beta
S5: C-phycocyanin subunit alpha
T5: C-phycocyanin subunit beta
U5: C-phycocyanin subunit alpha
V5: C-phycocyanin subunit beta
W5: C-phycocyanin subunit alpha
X5: C-phycocyanin subunit beta
Y5: C-phycocyanin subunit alpha
Z5: C-phycocyanin subunit beta
a5: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A6: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B6: C-phycocyanin subunit alpha
C6: C-phycocyanin subunit beta
D6: C-phycocyanin subunit alpha
E6: C-phycocyanin subunit beta
F6: C-phycocyanin subunit alpha
G6: C-phycocyanin subunit beta
H6: C-phycocyanin subunit alpha
I6: C-phycocyanin subunit beta
J6: C-phycocyanin subunit alpha
K6: C-phycocyanin subunit beta
L6: C-phycocyanin subunit alpha
M6: C-phycocyanin subunit beta
N6: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O6: C-phycocyanin subunit alpha
P6: C-phycocyanin subunit beta
Q6: C-phycocyanin subunit alpha
R6: C-phycocyanin subunit beta
S6: C-phycocyanin subunit alpha
T6: C-phycocyanin subunit beta
U6: C-phycocyanin subunit alpha
V6: C-phycocyanin subunit beta
W6: C-phycocyanin subunit alpha
X6: C-phycocyanin subunit beta
Y6: C-phycocyanin subunit alpha
Z6: C-phycocyanin subunit beta
a6: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A7: Allophycocyanin alpha subunit
B7: Allophycocyanin beta subunit
C7: Allophycocyanin alpha subunit
D7: Allophycocyanin beta subunit
E7: Allophycocyanin alpha subunit
F7: Allophycocyanin beta subunit
G7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
H7: Allophycocyanin alpha subunit
I7: Allophycocyanin beta subunit
J7: Allophycocyanin alpha subunit
K7: Allophycocyanin beta subunit
L7: Allophycocyanin alpha subunit
M7: Allophycocyanin beta subunit
N7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
O7: Allophycocyanin alpha subunit
P7: Allophycocyanin beta subunit
Q7: Allophycocyanin alpha subunit
R7: Allophycocyanin beta subunit
S7: Allophycocyanin alpha subunit
T7: Allophycocyanin beta subunit
U7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
V7: Allophycocyanin alpha subunit
W7: Allophycocyanin beta subunit
X7: Allophycocyanin alpha subunit
Y7: Allophycocyanin beta subunit
Z7: Allophycocyanin alpha subunit
a7: Allophycocyanin beta subunit
b7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
A8: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
B8: C-phycocyanin subunit alpha
C8: C-phycocyanin subunit beta
D8: C-phycocyanin subunit alpha
E8: C-phycocyanin subunit beta
F8: C-phycocyanin subunit alpha
G8: C-phycocyanin subunit beta
H8: C-phycocyanin subunit alpha
I8: C-phycocyanin subunit beta
J8: C-phycocyanin subunit alpha
K8: C-phycocyanin subunit beta
L8: C-phycocyanin subunit alpha
M8: C-phycocyanin subunit beta
N8: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O8: C-phycocyanin subunit alpha
P8: C-phycocyanin subunit beta
Q8: C-phycocyanin subunit alpha
R8: C-phycocyanin subunit beta
S8: C-phycocyanin subunit alpha
T8: C-phycocyanin subunit beta
U8: C-phycocyanin subunit alpha
V8: C-phycocyanin subunit beta
W8: C-phycocyanin subunit alpha
X8: C-phycocyanin subunit beta
Y8: C-phycocyanin subunit alpha
Z8: C-phycocyanin subunit beta
a8: Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,778,193528
ポリマ－4,608,649240
非ポリマー169,544288
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Phycobilisome ... , 3種, 24分子 A1A2A4A5A6A8N1a1N2a2N4a4N5a5N6a6N8a82333G7N7U7b7

#1: タンパク質
Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG / L-RC 28.5


分子量: 28540.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: cpcG / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q05238
#4: タンパク質
Phycobilisome 32.3 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / L-R 32.3


分子量: 32308.896 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: cpcC / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q05237
#6: タンパク質
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core


分子量: 7806.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcC / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: O68971

-
C-phycocyanin subunit ... , 2種, 144分子 B1D1F1H1J1L1O1Q1S1U1W1Y1B2D2F2H2J2L2O2Q2S2U2W2Y2B4D4F4H4J4L4...

#2: タンパク質 ...
C-phycocyanin subunit alpha / alpha-PC


分子量: 17637.695 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: cpcA / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: P03943
#3: タンパク質 ...
C-phycocyanin subunit beta / beta-PC


分子量: 18353.852 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: cpcB / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: P03944

-
Allophycocyanin ... , 4種, 70分子 G3I3K3N3P3R3T3X3Z3b3d3f3i3k3o3q3s3u3w3y3A7C7E7H7J7L7O7Q7S7V7...

#7: タンパク質 ...
Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17302.660 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcA / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: B1XQM2
#8: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17237.590 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcB / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: O68970
#9: タンパク質 Allophycocyanin subunit beta-18 / Allophycocyanin subunit B18


分子量: 18742.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcF / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: O68967
#10: タンパク質 Allophycocyanin subunit alpha-B / alpha-AP-B


分子量: 17721.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcD / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア) / 参照: UniProt: O68966

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 290分子 0313

#11: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome core-membrane linker phycobiliprotein ApcE


分子量: 99391.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: PCC 7002 / 遺伝子: apcE / 発現宿主: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
参照: UniProt: O68973, 付加脱離酵素（リアーゼ）

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Synechococcus sp. PCC 7002
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 6 MDa
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64268 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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