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万見
- PDB-7eu3: Chloroplast NDH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eu3
タイトルChloroplast NDH complex
要素
  • (NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ...) x 13
  • (Photosynthetic NDH subunit of subcomplex ...) x 10
  • NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
  • Unidentified stromal protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / chloroplast NAD(P)H-quinone oxidoreductase / cyclic electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial membrane / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial membrane / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / 4Fe-4S dicluster domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I ...NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / 4Fe-4S dicluster domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic ...BETA-CAROTENE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang, W.D. / Shen, L. / Tang, K. / Han, G.Y. / Zhang, X. / Shen, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare.
著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang /
要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET.
履歴
登録2021年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31307
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31307
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
B: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
C: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
D: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
E: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
F: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F
G: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
H: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
I: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
J: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
K: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
L: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
M: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
N: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
T: Unidentified stromal protein
1: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L1
2: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L2
3: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L3
4: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L4
5: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L5
6: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B1
7: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B2
8: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B3
9: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B4
0: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,88630
ポリマ－704,68525
非ポリマー3,2025
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 13種, 13分子 ABCEFGHIJKLMN

#1: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 1 / NDH subunit 1 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 1


分子量: 38544.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ)
参照: UniProt: P92432, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / subunit 2 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 2


分子量: 53452.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z268, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#3: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 3 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 3


分子量: 13299.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z1L1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#5: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 4L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 4L


分子量: 11199.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ)
参照: UniProt: A0A218LNA9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#6: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F


分子量: 87552.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#7: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic


分子量: 19587.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: A0A4Y5SEJ9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#8: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH- ...NAD(P)H dehydrogenase / subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit H


分子量: 44563.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z272, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#9: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit I / NDH subunit I / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit I


分子量: 19271.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ)
参照: UniProt: A0A218LNN1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#10: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J


分子量: 18733.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#11: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit K / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit K


分子量: 27568.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z232, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#12: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L


分子量: 22240.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#13: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M


分子量: 24051.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#14: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N


分子量: 25928.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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タンパク質 , 2種, 2分子 DT

#4: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 56222.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z8N2, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#15: タンパク質 Unidentified stromal protein


分子量: 5209.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

-
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex ... , 10種, 10分子 1234567890

#16: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L1


分子量: 17835.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#17: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L2


分子量: 23946.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#18: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L3


分子量: 24733.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#19: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L4


分子量: 13954.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#20: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L5


分子量: 25818.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#21: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B1


分子量: 51675.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#22: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B2


分子量: 38079.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#23: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B3


分子量: 13313.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#24: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B4


分子量: 9756.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
#25: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B5


分子量: 18146.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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非ポリマー , 4種, 5分子

#26: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#29: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloroplast NDH complex of Barley / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.17.1_3660:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103844 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 346.78 Å2 / Biso mean: 138.3381 Å2 / Biso min: 30 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00342856
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73658287
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0456609
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057340
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.616003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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