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万見
- PDB-7ekp: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor bound to EVP-6124 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ekp
タイトルhuman alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor bound to EVP-6124
要素Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha 7 / nicotinic acetylcholine receptor / apo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory processing / dendrite arborization / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / positive regulation of CoA-transferase activity ...sensory processing / dendrite arborization / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / positive regulation of CoA-transferase activity / dendritic spine organization / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of amyloid-beta formation / plasma membrane raft / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to amyloid-beta / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of tumor necrosis factor production / monoatomic ion channel activity / toxic substance binding / monoatomic ion transport / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to nicotine / synapse organization / calcium channel activity / memory / cognition / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / amyloid-beta binding / monoatomic ion transmembrane transport / postsynaptic membrane / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / learning or memory / response to hypoxia / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-I33 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Liu, S. / Zhao, Y. / Sun, D. / Tian, C.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human α7 nicotinic acetylcholine receptor activation.
著者: Yue Zhao / Sanling Liu / Yingxin Zhou / Mengge Zhang / Haopeng Chen / H Eric Xu / Demeng Sun / Lei Liu / Changlin Tian /
履歴
登録2021年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31172
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
B: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
C: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
D: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
E: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,29125
ポリマ－282,5265
非ポリマー6,76620
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYA1 - 114
d_12ens_1CYSALAA116 - 396
d_13ens_1I33I33K
d_14ens_1NAGNAGF
d_15ens_1NAGNAGF
d_16ens_1NAGNAGL
d_17ens_1CLRCLRM
d_21ens_1GLYGLYB1 - 114
d_22ens_1CYSALAB116 - 396
d_23ens_1I33I33N
d_24ens_1NAGNAGG
d_25ens_1NAGNAGG
d_26ens_1NAGNAGO
d_27ens_1CLRCLRP
d_31ens_1GLYGLYC1 - 114
d_32ens_1CYSALAC116 - 396
d_33ens_1I33I33Q
d_34ens_1NAGNAGH
d_35ens_1NAGNAGH
d_36ens_1NAGNAGR
d_37ens_1CLRCLRS
d_41ens_1GLYGLYD1 - 114
d_42ens_1CYSALAD116 - 396
d_43ens_1I33I33T
d_44ens_1NAGNAGI
d_45ens_1NAGNAGI
d_46ens_1NAGNAGU
d_47ens_1CLRCLRV
d_51ens_1GLYGLYE1 - 114
d_52ens_1CYSALAE116 - 396
d_53ens_1I33I33W
d_54ens_1NAGNAGJ
d_55ens_1NAGNAGJ
d_56ens_1NAGNAGX
d_57ens_1CLRCLRY

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.307605590359, 0.951513650448, 0.000757490332353), (-0.951513951958, 0.307605495448, 0.000241660862768), (-3.0645792774E-6, -0.000795098852066, 0.999999683904)-31.654904681, 200.045485466, 0.151737526725
2given(-0.809803949867, 0.586700191847, 0.000669079503263), (-0.58670056488, -0.809803605456, -0.00075349799573), (9.97455754279E-5, -0.00100273497567, 0.999999492287)148.747196918, 291.738172034, 0.153202173741
3given(-0.808416049684, -0.588611462462, -0.000192020605367), (0.588611460458, -0.808415851121, -0.000600227158242), (0.000198068084302, -0.000598258797142, 0.999999801428)291.734920283, 148.534278084, 0.0672758145256
4given(0.310101756489, -0.950703307238, -0.000349612192259), (0.950703350265, 0.310101806352, -9.74286297494E-5), (0.000201041092865, -0.000302164693257, 0.999999934139)199.686801164, -31.7548896661, 0.0135767297736

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要素

#1: タンパク質
Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7


分子量: 56505.176 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA7, NACHRA7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36544
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-I33 / 7-chloro-N-(quinuclidin-3-yl)benzo[b]thiophene-2-carboxamide / エンセニクリン


分子量: 320.837 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17ClN2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor bound to agonist EVP-6124
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 62 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59759 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002816580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.597222670
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04782635
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00292765
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0575850
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000819117201147
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000685134834802
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000551485876611
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00066933708496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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