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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dxa | |||||||||
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タイトル | PSII intermediate Psb28-RC47 | |||||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN / Photosystem II / Cryo-EM / assembly / repair / Psb28 / Tsl0063 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding ...photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Sui, S.F. / Shen, J.R. / Han, G.Y. / Xiao, Y.N. / Huang, G.Q. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Structural insights into cyanobacterial photosystem II intermediates associated with Psb28 and Tsl0063. 著者: Yanan Xiao / Guoqiang Huang / Xin You / Qingjun Zhu / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen / 要旨: Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. ...Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. We analysed the structures of two Psb28-bound PSII intermediates, Psb28-RC47 and Psb28-PSII, purified from a psbV-deletion strain of the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus, using cryo-electron microscopy. Both Psb28-RC47 and Psb28-PSII bind one Psb28, one Tsl0063 and an unknown subunit. Psb28 is located at the cytoplasmic surface of PSII and interacts with D1, D2 and CP47, whereas Tsl0063 is a transmembrane subunit and binds at the side of CP47/PsbH. Substantial structural perturbations are observed at the acceptor side, which result in conformational changes of the quinone (Q) and non-haem iron binding sites and thus may protect PSII from photodamage during assembly. These results provide a solid structural basis for understanding the assembly process of native PSII. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dxa.cif.gz | 364.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dxa.ent.gz | 295 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dxa_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dxa_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dxa_validation.xml.gz | 69.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dxa_validation.cif.gz | 94.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/7dxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/7dxa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 10種, 10分子 Aabdhilmtx
#1: タンパク質 | 分子量: 13188.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DLJ8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 39792.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P51765 |
#4: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR1 |
#5: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR8 |
#8: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19052 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12240 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12241 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12312 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12313 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR4 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 ef
#6: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12238 |
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#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12239 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1652.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5943.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DMP8 |
-糖 , 3種, 5分子
#22: 糖 | #25: 糖 | ChemComp-HTG / | #26: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 10種, 45分子
#15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-CLA / #17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-BCR / #19: 化合物 | ChemComp-CL / | #20: 化合物 | ChemComp-MGE / ( #21: 化合物 | 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #23: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #24: 化合物 | ChemComp-PQ9 / | #27: 化合物 | ChemComp-HEM / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSII intermediate Psb28-RC47 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241790 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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