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万見
- PDB-7dxa: PSII intermediate Psb28-RC47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dxa
タイトルPSII intermediate Psb28-RC47
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 10
  • Tsl0063 protein
  • unidentified transmembrane protein
キーワードPLANT PROTEIN / Photosystem II / Cryo-EM / assembly / repair / Psb28 / Tsl0063
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / : / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / : / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) ...: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MGE / PHEOPHYTIN A / Chem-PQ9 / Chem-SQD / Unknown ligand ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MGE / PHEOPHYTIN A / Chem-PQ9 / Chem-SQD / Unknown ligand / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II assembly factor Psb28 protein / Photosystem II assembly protein Psb34
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Sui, S.F. / Shen, J.R. / Han, G.Y. / Xiao, Y.N. / Huang, G.Q.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural insights into cyanobacterial photosystem II intermediates associated with Psb28 and Tsl0063.
著者: Yanan Xiao / Guoqiang Huang / Xin You / Qingjun Zhu / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. ...Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. We analysed the structures of two Psb28-bound PSII intermediates, Psb28-RC47 and Psb28-PSII, purified from a psbV-deletion strain of the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus, using cryo-electron microscopy. Both Psb28-RC47 and Psb28-PSII bind one Psb28, one Tsl0063 and an unknown subunit. Psb28 is located at the cytoplasmic surface of PSII and interacts with D1, D2 and CP47, whereas Tsl0063 is a transmembrane subunit and binds at the side of CP47/PsbH. Substantial structural perturbations are observed at the acceptor side, which result in conformational changes of the quinone (Q) and non-haem iron binding sites and thus may protect PSII from photodamage during assembly. These results provide a solid structural basis for understanding the assembly process of native PSII.
履歴
登録2021年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年4月6日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _citation.country ..._chem_comp.formula / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30902
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II reaction center Psb28 protein
B: Tsl0063 protein
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
t: Photosystem II reaction center protein T
x: Photosystem II reaction center protein X
C: unidentified transmembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,92364
ポリマ－197,72314
非ポリマー35,20150
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem II ... , 10種, 10分子 Aabdhilmtx

#1: タンパク質 Photosystem II reaction center Psb28 protein / Photosystem II 13 kDa protein / Photosystem II reaction center W protein


分子量: 13188.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DLJ8
#3: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39792.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P51765
#4: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56068.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR1
#5: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38404.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR8
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7227.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P19052
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12240
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12241
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 4015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12312
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12313
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 4191.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR4

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 ef

#6: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12238
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12239

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC

#14: タンパク質・ペプチド unidentified transmembrane protein


分子量: 1652.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#2: タンパク質 Tsl0063 protein


分子量: 5943.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DMP8

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糖 , 3種, 5分子

#22: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#25: 糖 ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#26: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 10種, 45分子

#15: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#16: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物 ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / (7S,25R)-2,8α,12,17-テトラメチル-13-ビニル-18-エチル-25-(メトキシカルボニル)-26-(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#18: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#20: 化合物
ChemComp-MGE / (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE / MONOGALACTOSYL-DIACYLGLYCEROL


分子量: 688.972 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H72O10
#21: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#23: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#24: 化合物 ChemComp-PQ9 / 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE


分子量: 612.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H64O2
#27: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII intermediate Psb28-RC47 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241790 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01315820
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d3.68921798
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.4735929
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1432234
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0112620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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