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- PDB-7drt: Human Wntless in complex with Wnt3a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7drt
タイトルHuman Wntless in complex with Wnt3a
要素
  • Protein Wnt-3a
  • Protein wntless homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Wnt signaling / Wnt secretion / WLS / Wnt3a / cryo-EM / palmitoleoylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / axis elongation involved in somitogenesis / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / : / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation ...Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / axis elongation involved in somitogenesis / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / : / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Formation of the posterior neural plate / Wnt protein secretion / COP9 signalosome assembly / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / positive regulation of Wnt protein secretion / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / synaptic vesicle recycling / Signaling by RNF43 mutants / WNT ligand biogenesis and trafficking / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / cell proliferation in forebrain / secondary palate development / Specification of the neural plate border / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / cementum mineralization / somatic stem cell division / non-canonical Wnt signaling pathway / co-receptor binding / cardiac muscle cell fate commitment / presynapse assembly / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / dorsal/ventral neural tube patterning / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / exocrine pancreas development / post-anal tail morphogenesis / mammary gland development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / frizzled binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / myoblast differentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / midbrain development / inner ear morphogenesis / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / fat cell differentiation / B cell proliferation / heart looping / Formation of paraxial mesoderm / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of receptor internalization / hemopoiesis / regulation of presynapse assembly / mesoderm formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / endomembrane system / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / Regulation of FZD by ubiquitination / extracellular matrix organization / TCF dependent signaling in response to WNT / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / hippocampus development / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / intracellular protein transport / modulation of chemical synaptic transmission / neuron differentiation / protein localization / trans-Golgi network / Wnt signaling pathway / platelet aggregation / negative regulation of neurogenesis / Golgi lumen / osteoblast differentiation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of neuron projection development / heart development / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / in utero embryonic development / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / receptor ligand activity
類似検索 - 分子機能
Wnt-3 protein / Protein wntless / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOLEIC ACID / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Protein Wnt-3a / Protein wntless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhong, Q. / Zhao, Y. / Ye, F. / Xiao, Z. / Huang, G. / Zhang, Y. / Lu, P. / Xu, W. / Zhou, Q. / Ma, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of human Wntless in complex with Wnt3a.
著者: Qing Zhong / Yanyu Zhao / Fangfei Ye / Zaiyu Xiao / Gaoxingyu Huang / Meng Xu / Yuanyuan Zhang / Xiechao Zhan / Ke Sun / Zhizhi Wang / Shanshan Cheng / Shan Feng / Xiuxiu Zhao / Jizhong Zhang ...著者: Qing Zhong / Yanyu Zhao / Fangfei Ye / Zaiyu Xiao / Gaoxingyu Huang / Meng Xu / Yuanyuan Zhang / Xiechao Zhan / Ke Sun / Zhizhi Wang / Shanshan Cheng / Shan Feng / Xiuxiu Zhao / Jizhong Zhang / Peilong Lu / Wenqing Xu / Qiang Zhou / Dan Ma /
要旨: Wntless (WLS), an evolutionarily conserved multi-pass transmembrane protein, is essential for secretion of Wnt proteins. Wnt-triggered signaling pathways control many crucial life events, whereas ...Wntless (WLS), an evolutionarily conserved multi-pass transmembrane protein, is essential for secretion of Wnt proteins. Wnt-triggered signaling pathways control many crucial life events, whereas aberrant Wnt signaling is tightly associated with many human diseases including cancers. Here, we report the cryo-EM structure of human WLS in complex with Wnt3a, the most widely studied Wnt, at 2.2 Å resolution. The transmembrane domain of WLS bears a GPCR fold, with a conserved core cavity and a lateral opening. Wnt3a interacts with WLS at multiple interfaces, with the lipid moiety on Wnt3a traversing a hydrophobic tunnel of WLS transmembrane domain and inserting into membrane. A β-hairpin of Wnt3a containing the conserved palmitoleoylation site interacts with WLS extensively, which is crucial for WLS-mediated Wnt secretion. The flexibility of the Wnt3a loop/hairpin regions involved in the multiple binding sites indicates induced fit might happen when Wnts are bound to different binding partners. Our findings provide important insights into the molecular mechanism of Wnt palmitoleoylation, secretion and signaling.
履歴
登録2020年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30827
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Wnt-3a
B: Protein wntless homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8908
ポリマ－101,7402
非ポリマー3,1506
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10720 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area42270 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein Wnt-3a


分子量: 39421.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNT3A / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56704
#2: タンパク質 Protein wntless homolog / Integral membrane protein GPR177 / Protein evenness interrupted homolog / EVI / Putative NF-kappa-B- ...Integral membrane protein GPR177 / Protein evenness interrupted homolog / EVI / Putative NF-kappa-B-activating protein 373


分子量: 62317.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WLS, C1orf139, GPR177, UNQ85/PRO18667 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T9L3

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 15分子

#4: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#5: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物 ChemComp-LPE / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / LPC-ETHER / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 510.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H57NO6P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human Wntless in complex with Wnt3aCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Wnt3aCOMPLEX#11RECOMBINANT
3WntlessCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293
32Homo sapiens (ヒト)9606HEK293
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.0.6 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8482332 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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