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万見
- PDB-7dnj: K63-polyUb MDA5CARDs complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnj
タイトルK63-polyUb MDA5CARDs complex
要素
  • Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
  • Ubiquitin
キーワードIMMUNE SYSTEM / signaling complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope ...MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / pattern recognition receptor activity / virus tail / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interferon-beta production / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain ...Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Death-like domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helicase conserved C-terminal domain / Ubiquitin-like (UB roll) / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Song, B. / Chen, Y. / Luo, D.H. / Zheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81971538 中国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Ordered assembly of the cytosolic RNA-sensing MDA5-MAVS signaling complex via binding to unanchored K63-linked poly-ubiquitin chains.
著者: Bin Song / Yun Chen / Xin Liu / Fei Yuan / Eddie Yong Jun Tan / Yixuan Lei / Ning Song / Yinqi Han / Bruce D Pascal / Patrick R Griffin / Cheng Luo / Bin Wu / Dahai Luo / Jie Zheng /
要旨: The RNA sensor MDA5 recruits the signaling adaptor MAVS to initiate type I interferon signaling and downstream antiviral responses, a process that requires K63-linked polyubiquitin chains. Here, we ...The RNA sensor MDA5 recruits the signaling adaptor MAVS to initiate type I interferon signaling and downstream antiviral responses, a process that requires K63-linked polyubiquitin chains. Here, we examined the mechanisms whereby K63-polyUb chain regulate MDA5 activation. Only long unanchored K63-polyUb (n ≥ 8) could mediate tetramerization of the caspase activation and recruitment domains of MDA5 (CARDs). Cryoelectron microscopy structures of a polyUb-bound CARDs tetramer and a polyUb-bound CARDs-CARD assembly revealed a tower-like formation, wherein eight Ubs tethered along the outer rim of the helical shell, bridging CARDs and CARD tetramers into proximity. ATP binding and hydrolysis promoted the stabilization of RNA-bound MDA5 prior to MAVS activation via allosteric effects on CARDs-polyUb complex. Abundant ATP prevented basal activation of apo MDA5. Our findings reveal the ordered assembly of a MDA5 signaling complex competent to recruit and activate MAVS and highlight differences with RIG-I in terms of CARD orientation and Ub sensing that suggest different abilities to induce antiviral responses.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年10月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30785
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
B: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
C: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
D: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
E: Ubiquitin
F: Ubiquitin
G: Ubiquitin
H: Ubiquitin
I: Ubiquitin
J: Ubiquitin
K: Ubiquitin
L: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,91812
ポリマ－163,91812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, HDX-MS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area22620 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area52010 Å2

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要素

#1: タンパク質
Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1


分子量: 23825.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYX4, RNA helicase
#2: タンパク質
Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1k63polyUb bound MDA5 CARDs complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2k63polyUbCOMPLEXall1RECOMBINANT
3MDA5 CARDsCOMPLEXall1RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143814 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00811082
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71314991
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.5351467
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481765
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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