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- PDB-7dco: Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dco
タイトルCryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at an atomic resolution of 2.5 angstrom
要素
  • (Pre-mRNA-processing ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 10
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 4
  • BJ4_G0014900.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0037700.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0056610.mRNA.1.CDS.1
  • BRR2 isoform 1
  • BUD31 isoform 1
  • CDC40 isoform 1
  • CLF1 isoform 1
  • CWC22 isoform 1
  • CWC27 isoform 1
  • HLJ1_G0043010.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0054350.mRNA.1.CDS.1
  • HSH155 isoform 1
  • HSH49 isoform 1
  • PRP11 isoform 1
  • PRP8 isoform 1
  • PRP9 isoform 1
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • RDS3 complex subunit 10
  • RSE1 isoform 1
  • SMD1 isoform 1
  • SNT309 isoform 1
  • SNU114 isoform 1
  • SX2_G0027210.mRNA.1.CDS.1
  • SYF1 isoform 1
  • Sm protein F
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • pre-mRNA
キーワードSPLICING / RNA splicing / spliceosome / Bact complex / Prp2 / Spp2 / ATPase/helicase / activation
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / Prp19 complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / small nuclear ribonucleoprotein complex ...maintenance of RNA location / RES complex / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / Prp19 complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / small nuclear ribonucleoprotein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / ATPase activator activity / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Spp2-like / Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / cwf21 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / : / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) ...Pre-mRNA-splicing factor Spp2-like / Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / cwf21 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / : / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / Splicing factor 3A subunit 1 / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Leucine-rich repeat / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Forkhead-associated (FHA) domain / : / Sm domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / LSM domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC24 / SNU114 isoform 1 / : / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / : / BJ4_G0014900.mRNA.1.CDS.1 / : / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / : / RDS3 isoform 1 / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / : / MSL1 isoform 1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / BUD31 isoform 1 / : / Sm protein F / : / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / HLJ1_G0022770.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043010.mRNA.1.CDS.1 / : / : / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Pre-mRNA-splicing factor SPP2 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA leakage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bai, R. / Wan, R. / Yan, C. / Qi, J. / Zhang, P. / Lei, J. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism of spliceosome remodeling by the ATPase/helicase Prp2 and its coactivator Spp2.
著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Qi Jia / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: Spliceosome remodeling, executed by conserved adenosine triphosphatase (ATPase)/helicases including Prp2, enables precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing. However, the structural basis for the ...Spliceosome remodeling, executed by conserved adenosine triphosphatase (ATPase)/helicases including Prp2, enables precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing. However, the structural basis for the function of the ATPase/helicases remains poorly understood. Here, we report atomic structures of Prp2 in isolation, Prp2 complexed with its coactivator Spp2, and Prp2-loaded activated spliceosome and the results of structure-guided biochemical analysis. Prp2 weakly associates with the spliceosome and cannot function without Spp2, which stably associates with Prp2 and anchors on the spliceosome, thus tethering Prp2 to the activated spliceosome and allowing Prp2 to function. Pre-mRNA is loaded into a featured channel between the N and C halves of Prp2, where Leu from the N half and Arg from the C half prevent backward sliding of pre-mRNA toward its 5'-end. Adenosine 5'-triphosphate binding and hydrolysis trigger interdomain movement in Prp2, which drives unidirectional stepwise translocation of pre-mRNA toward its 3'-end. These conserved mechanisms explain the coupling of spliceosome remodeling to pre-mRNA splicing.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30637
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30637
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PRP8 isoform 1
B: U5 snRNA
C: SNU114 isoform 1
D: BRR2 isoform 1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
a: BJ4_G0014900.mRNA.1.CDS.1
b: SMD1 isoform 1
c: BJ4_G0037700.mRNA.1.CDS.1
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Sm protein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
F: U6 snRNA
G: pre-mRNA
H: U2 snRNA
o: HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1
p: BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1
h: BJ4_G0014900.mRNA.1.CDS.1
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
j: Sm protein F
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
m: SMD1 isoform 1
n: BJ4_G0037700.mRNA.1.CDS.1
u: PRP9 isoform 1
w: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
v: PRP11 isoform 1
1: HSH155 isoform 1
2: HLJ1_G0043010.mRNA.1.CDS.1
3: RSE1 isoform 1
4: HSH49 isoform 1
5: BJ4_G0056610.mRNA.1.CDS.1
6: RDS3 complex subunit 10
L: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
K: SNT309 isoform 1
N: BUD31 isoform 1
T: HLJ1_G0054350.mRNA.1.CDS.1
P: Pre-mRNA-processing protein 45
Q: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
S: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
Y: Pre-mRNA leakage protein 1
X: SX2_G0027210.mRNA.1.CDS.1
Z: Pre-mRNA-splicing factor CWC26
W: CDC40 isoform 1
U: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
V: CWC22 isoform 1
M: Pre-mRNA-splicing factor CWC24
z: CWC27 isoform 1
y: Pre-mRNA-splicing factor SPP2
J: CLF1 isoform 1
I: SYF1 isoform 1
x: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,914,32080
ポリマ－2,911,97056
非ポリマー2,35024
水30,8781714
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 27種, 31分子 ACDahbmcnfjopuv123456KNTYXWVzJI

#1: タンパク質 PRP8 isoform 1


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PW68
#3: タンパク質 SNU114 isoform 1


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PW35
#4: タンパク質 BRR2 isoform 1


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2I8
#6: タンパク質 BJ4_G0014900.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0014660.mRNA.1.CDS.1 / SMB1 isoform 1 / Y55_G0014800.mRNA.1.CDS.1


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0I3
#7: タンパク質 SMD1 isoform 1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W7
#8: タンパク質 BJ4_G0037700.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0037800.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0037500.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0037640.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZK95
#10: タンパク質 Sm protein F


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q5K4
#15: タンパク質 HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1 / LEA1 isoform 1 / Y55_G0053650.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2G3
#16: タンパク質 BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0027200.mRNA.1.CDS.1 / MSL1 isoform 1 / SX2_G0029270.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0027550.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q318
#18: タンパク質 PRP9 isoform 1


分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ67
#20: タンパク質 PRP11 isoform 1


分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q100
#21: タンパク質 HSH155 isoform 1


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PSM1
#22: タンパク質 HLJ1_G0043010.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27503.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZSI9
#23: タンパク質 RSE1 isoform 1


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUP5
#24: タンパク質 HSH49 isoform 1


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q466
#25: タンパク質 BJ4_G0056610.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0056430.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056610.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0056420.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16. ...EM14S01-3B_G0056430.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056610.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0056420.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0056310.mRNA.1.CDS.1 / RDS3 isoform 1 / SX2_G0056170.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0055940.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0056510.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1K7
#26: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit


分子量: 9888.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C074
#29: タンパク質 SNT309 isoform 1 / Y55_G0056570.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q641
#30: タンパク質 BUD31 isoform 1 / EM14S01-3B_G0005920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006010.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0005970.mRNA.1.CDS.1 / ...EM14S01-3B_G0005920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006010.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0005970.mRNA.1.CDS.1 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / SX2_G0005960.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0005950.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0006020.mRNA.1.CDS.1


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3N1
#31: タンパク質 HLJ1_G0054350.mRNA.1.CDS.1 / Pre-mRNA-splicing factor PRP46


分子量: 37639.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZMZ1
#36: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 23685.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07930
#37: タンパク質 SX2_G0027210.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14880.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1ALU2
#39: タンパク質 CDC40 isoform 1


分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYD5
#41: タンパク質 CWC22 isoform 1


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1E9
#43: タンパク質 CWC27 isoform 1


分子量: 35080.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q291
#45: タンパク質 CLF1 isoform 1 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1


分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PT67
#46: タンパク質 SYF1 isoform 1


分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0A4

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BFGH

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023403
#12: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925
#13: RNA鎖 pre-mRNA


分子量: 44772.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#14: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376324.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 4種, 6分子 deigkl

#5: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3H8
#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q895
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204
#17: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 8882.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3H8

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 10種, 10分子 wLQRSZUMyx

#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP21


分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32524
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85 / PRP19-associated complex protein 85


分子量: 67837.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654
#33: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0Z2
#34: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2


分子量: 29742.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q155
#35: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Complexed with CEF1 protein 15


分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772
#38: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC26


分子量: 14039.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AYM3
#40: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZG6
#42: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC24


分子量: 29797.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PVM6
#44: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPP2 / Spliceosome maturation protein SPP2 / Suppressor of PRP protein 2


分子量: 20685.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02521
#47: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-processing protein 2


分子量: 99947.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20095, RNA helicase

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Pre-mRNA-processing ... , 2種, 5分子 stqrP

#28: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PQI0, RING-type E3 ubiquitin transferase
#32: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTY9

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非ポリマー , 6種, 1738分子

#48: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#49: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#50: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#51: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#52: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#53: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the activated spliceosome Bact complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 705371 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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