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- PDB-7da4: Cryo-EM structure of amyloid fibril formed by human RIPK3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da4
タイトルCryo-EM structure of amyloid fibril formed by human RIPK3
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / programmed necrotic cell death / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / necroptotic signaling pathway / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRP channels / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / activation of protein kinase activity / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / thymus development / apoptotic signaling pathway / protein modification process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / transcription coactivator activity / protein autophosphorylation / amyloid fibril formation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Zhao, K. / Ma, Y.Y. / Sun, Y.P. / Li, D. / Liu, C.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: The structure of a minimum amyloid fibril core formed by necroptosis-mediating RHIM of human RIPK3.
著者: Xialian Wu / Yeyang Ma / Kun Zhao / Jing Zhang / Yunpeng Sun / Yichen Li / Xingqi Dong / Hong Hu / Jing Liu / Jian Wang / Xia Zhang / Bing Li / Huayi Wang / Dan Li / Bo Sun / Junxia Lu / Cong Liu /
要旨: Receptor-interacting protein kinases 3 (RIPK3), a central node in necroptosis, polymerizes in response to the upstream signals and then activates its downstream mediator to induce cell death. The ...Receptor-interacting protein kinases 3 (RIPK3), a central node in necroptosis, polymerizes in response to the upstream signals and then activates its downstream mediator to induce cell death. The active polymeric form of RIPK3 has been indicated as the form of amyloid fibrils assembled via its RIP homotypic interaction motif (RHIM). In this study, we combine cryogenic electron microscopy and solid-state NMR to determine the amyloid fibril structure of RIPK3 RHIM-containing C-terminal domain (CTD). The structure reveals a single protofilament composed of the RHIM domain. RHIM forms three β-strands (referred to as strands 1 through 3) folding into an S shape, a distinct fold from that in complex with RIPK1. The consensus tetrapeptide VQVG of RHIM forms strand 2, which zips up strands 1 and 3 via heterozipper-like interfaces. Notably, the RIPK3-CTD fibril, as a physiological fibril, exhibits distinctive assembly compared with pathological fibrils. It has an exceptionally small fibril core and twists in both handedness with the smallest pitch known so far. These traits may contribute to a favorable spatial arrangement of RIPK3 kinase domain for efficient phosphorylation.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30622
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30622
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9353
ポリマ－45,9353
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3640 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area3820 Å2

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / RIP-3


分子量: 15311.755 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK3, RIP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y572, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: human RIPK3-CTD amyloid fibril / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -7.53 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45526 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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