+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d74 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of GMPPA/GMPPB complex bound to GTP (state II) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GMPPA / GMPPB / GDP-mannose homeostasis / CELL CYCLE (細胞周期) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / Synthesis of GDP-mannose / GDP-mannose biosynthetic process / biosynthetic process / protein glycosylation / transferase activity / GTP binding / extracellular exosome / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, L. / Liu, Z. / Wang, Y. / Yang, F. / Wang, J. / Qing, J. / cai, X. / Mo, X. / Gao, N. / Jia, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of human GMPPA-GMPPB complex reveal how cells maintain GDP-mannose homeostasis. 著者: Lvqin Zheng / Zhe Liu / Yan Wang / Fan Yang / Jinrui Wang / Wenjie Huang / Jiao Qin / Min Tian / Xiaotang Cai / Xiaohui Liu / Xianming Mo / Ning Gao / Da Jia / 要旨: GDP-mannose (GDP-Man) is a key metabolite essential for protein glycosylation and glycophosphatidylinositol anchor synthesis, and aberrant cellular GDP-Man levels have been associated with multiple ...GDP-mannose (GDP-Man) is a key metabolite essential for protein glycosylation and glycophosphatidylinositol anchor synthesis, and aberrant cellular GDP-Man levels have been associated with multiple human diseases. How cells maintain homeostasis of GDP-Man is unknown. Here, we report the cryo-EM structures of human GMPPA-GMPPB complex, the protein machinery responsible for GDP-Man synthesis, in complex with GDP-Man or GTP. Unexpectedly, we find that the catalytically inactive subunit GMPPA displays a much higher affinity to GDP-Man than the active subunit GMPPB and, subsequently, inhibits the catalytic activity of GMPPB through a unique C-terminal loop of GMPPA. Importantly, disruption of the interactions between GMPPA and GMPPB or the binding of GDP-Man to GMPPA in zebrafish leads to abnormal brain development and muscle abnormality, analogous to phenotypes observed in individuals carrying GMPPA or GMPPB mutations. We conclude that GMPPA acts as a cellular sensor to maintain mannose homeostasis through allosterically regulating GMPPB. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d74.cif.gz | 743.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7d74.ent.gz | 644.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d74 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46341.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMPPA 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q96IJ6 #2: タンパク質 | 分子量: 39878.316 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMPPB 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q9Y5P6, mannose-1-phosphate guanylyltransferase #3: 化合物 | ChemComp-GTP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115375 / 対称性のタイプ: POINT |