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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d5i | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium smegmatis bd complex in the apo-form. | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / Mycobacterium smegmatis / electron transfer chain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / cytochrome complex / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / aerobic electron transport chain / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, W. / Gong, H. / Gao, Y. / Zhou, X. / Rao, Z. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of mycobacterial cytochrome bd reveals two oxygen access channels. 著者: Weiwei Wang / Yan Gao / Yanting Tang / Xiaoting Zhou / Yuezheng Lai / Shan Zhou / Yuying Zhang / Xiuna Yang / Fengjiang Liu / Luke W Guddat / Quan Wang / Zihe Rao / Hongri Gong / 要旨: Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the ...Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the relationship between the structure and functional mechanisms of these oxidases is incomplete. Here, we have determined the 2.8 Å structure of Mycobacterium smegmatis cytochrome bd by single-particle cryo-electron microscopy. This bd oxidase consists of two subunits CydA and CydB, that adopt a pseudo two-fold symmetrical arrangement. The structural topology of its Q-loop domain, whose function is to bind the substrate, quinol, is significantly different compared to the C-terminal region reported for cytochromes bd from Geobacillus thermodenitrificans (G. th) and Escherichia coli (E. coli). In addition, we have identified two potential oxygen access channels in the structure and shown that similar tunnels also exist in G. th and E. coli cytochromes bd. This study provides insights to develop a framework for the rational design of antituberculosis compounds that block the oxygen access channels of this oxidase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d5i.cif.gz | 151.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d5i.ent.gz | 115.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d5i_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d5i_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7d5i_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d5i_validation.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53997.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_3233 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QXA8, 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 39352.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: cydB, MSMEI_3150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7GAS8, alkaline phosphatase | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HDD / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270938 / 詳細: The software used for reconstruction is cryoSPARC. / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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