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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d3r | ||||||
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タイトル | FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS A/WH/CHA/09-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGME ANTIBODY R50 | ||||||
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![]() | VIRUS / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||
![]() | He, Y. / Lou, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Foot-and-mouth Disease Virus with neutralizing antibodies derived from recovered natural host reveal a mechanism for cross-serotype neutralization. 著者: Yong He / Kun Li / Yimei Cao / Zixian Sun / Pinghua Li / Huifang Bao / Sheng Wang / Guoqiang Zhu / Xingwen Bai / Pu Sun / Xuerong Liu / Cheng Yang / Zaixin Liu / Zengjun Lu / Zihe Rao / Zhiyong Lou / ![]() 要旨: The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus ...The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus in natural hosts. In this study, we isolated serotype O-specific neutralizing antibodies (NAbs) (F145 and B77) from recovered natural bovine hosts by using the single B cell antibody isolation technique. We also identified a serotype O/A cross-reacting NAb (R50) and determined virus-NAb complex structures by cryo-electron microscopy at near-atomic resolution. F145 and B77 were shown to engage the capsid of FMDV-O near the icosahedral threefold axis, binding to the BC/HI-loop of VP2. In contrast, R50 engages the capsids of both FMDV-O and FMDV-A between the 2- and 5-fold axes and binds to the BC/EF/GH-loop of VP1 and to the GH-loop of VP3 from two adjacent protomers, revealing a previously unknown antigenic site. The cross-serotype neutralizing epitope recognized by R50 is highly conserved among serotype O/A. These findings help to elucidate FMDV neutralization by natural hosts and provide epitope information for the development of a universal vaccine for cross-serotype protection against FMDV. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 880.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 947.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 1234H
#1: タンパク質 | 分子量: 23402.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24541.584 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 24157.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 18081.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-抗体 , 1種, 1分子 L
#6: 抗体 | 分子量: 12705.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Cricetinae gen. sp. | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
画像処理 |
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CTF補正 |
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3次元再構成 |
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原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.49 Å |