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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cn0 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel | ||||||||||||
要素 | potassium channel 1 | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / potassium channel | ||||||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Asai, T. / Adachi, N. / Moriya, T. / Kawasaki, M. / Suzuki, K. / Senda, T. / Murata, T. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM Structure of K-Bound hERG Channel Complexed with the Blocker Astemizole. 著者: Tatsuki Asai / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Hideyuki Oki / Takamitsu Maru / Masato Kawasaki / Kano Suzuki / Sisi Chen / Ryohei Ishii / Kazuko Yonemori / Shigeru Igaki / Satoshi Yasuda / ...著者: Tatsuki Asai / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Hideyuki Oki / Takamitsu Maru / Masato Kawasaki / Kano Suzuki / Sisi Chen / Ryohei Ishii / Kazuko Yonemori / Shigeru Igaki / Satoshi Yasuda / Satoshi Ogasawara / Toshiya Senda / Takeshi Murata / 要旨: The hERG channel is a voltage-gated potassium channel involved in cardiac repolarization. Off-target hERG inhibition by drugs has become a critical issue in the pharmaceutical industry. The three- ...The hERG channel is a voltage-gated potassium channel involved in cardiac repolarization. Off-target hERG inhibition by drugs has become a critical issue in the pharmaceutical industry. The three-dimensional structure of the hERG channel was recently reported at 3.8-Å resolution using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). However, the drug inhibition mechanism remains unclear because of the scarce structural information regarding the drug- and potassium-bound hERG channels. In this study, we obtained the cryo-EM density map of potassium-bound hERG channel complexed with astemizole, a well-known hERG inhibitor that increases risk of potentially fatal arrhythmia, at 3.5-Å resolution. The structure suggested that astemizole inhibits potassium conduction by binding directly below the selectivity filter. Furthermore, we propose a possible binding model of astemizole to the hERG channel and provide insights into the unusual sensitivity of hERG to several drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cn0.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cn0.ent.gz | 132.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cn0_validation.pdf.gz | 947.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cn0_full_validation.pdf.gz | 964.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7cn0_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cn0_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 30412MC 7cn1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10628 (タイトル: Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel / Data size: 1.4 TB Data #1: Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91792.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: BacMam expression vector / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F cells #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: potassium channel / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: homo-tetramer / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F cells / プラスミド: BacMam expression vector |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse. |
試料支持 | 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: Blotting time was 5 seconds (blot force 10) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 56.13 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1496 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 999720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173770 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |