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- PDB-7c9w: E30 F-particle in complex with CD55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c9w
タイトルE30 F-particle in complex with CD55
要素
  • Complement decay-accelerating factor
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / Echovirus 30 / mature / attachement receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane / side of membrane / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / virus receptor activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA replication / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sushi repeat (SCR repeat) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain ...Sushi repeat (SCR repeat) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Complement decay-accelerating factor / Genome polyprotein / VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Echovirus E30 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, K. / Zhu, L. / Sun, Y. / Li, M. / Zhao, X. / Cui, L. / Zhang, L. / Gao, G. / Zhai, W. / Zhu, F. ...Wang, K. / Zhu, L. / Sun, Y. / Li, M. / Zhao, X. / Cui, L. / Zhang, L. / Gao, G. / Zhai, W. / Zhu, F. / Rao, Z. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesKJZD-SW-L05 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structures of Echovirus 30 in complex with its receptors inform a rational prediction for enterovirus receptor usage.
著者: Kang Wang / Ling Zhu / Yao Sun / Minhao Li / Xin Zhao / Lunbiao Cui / Li Zhang / George F Gao / Weiwei Zhai / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor ...Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor usage, among which echovirus 30 (E30), a leading causative agent for human aseptic meningitis, utilizes FcRn as an uncoating receptor. However, receptors for many EVs remain unknown. Here we analyzed the atomic structures of E30 mature virion, empty- and A-particles, which reveals serotype-specific epitopes and striking conformational differences between the subgroups within EV-Bs. Of these, the VP1 BC loop markedly distinguishes E30 from other EV-Bs, indicative of a role as a structural marker for EV-B. By obtaining cryo-electron microscopy structures of E30 in complex with its receptor FcRn and CD55 and comparing its homologs, we deciphered the underlying molecular basis for receptor recognition. Together with experimentally derived viral receptor identifications, we developed a structure-based in silico algorithm to inform a rational prediction for EV receptor usage.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30319
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30319
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: Complement decay-accelerating factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4007
ポリマ－116,8725
非ポリマー5282
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: Complement decay-accelerating factor
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,044,000420
ポリマ－7,012,329300
非ポリマー31,672120
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: Complement decay-accelerating factor
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 587 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)587,00035
ポリマ－584,36125
非ポリマー2,63910
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: Complement decay-accelerating factor
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 704 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)704,40042
ポリマ－701,23330
非ポリマー3,16712
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: Complement decay-accelerating factor
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 7.04 MDa, 300 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,044,000420
ポリマ－7,012,329300
非ポリマー31,672120
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation60
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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53generate(-0.80901699, -0.5, -0.309017), (0.5, -0.309017, -0.80901699), (0.309017, -0.80901699, 0.5)516.0145, 318.9145, 197.1
54generate(-1), (-1), (1)394.2, 394.2
55generate(-0.809017, 0.5, -0.309017), (-0.5, -0.30901699, 0.809017), (0.309017, 0.80901699, 0.5)318.9145, 197.1, -121.8145
56generate(-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.50000001, 0.309017), (-0.49999999, -0.30901699, 0.809017)516.0145, 75.2855, 197.1
57generate(-0.80901699, -0.5, 0.309017), (0.5, -0.309017, 0.809017), (-0.30901699, 0.809017, 0.5)394.2
58generate(-0.80901699, 0.5, 0.309017), (0.5, 0.309017, 0.80901699), (0.309017, 0.80901699, -0.5)197.1, -121.8145, 75.2855
59generate(-0.309017, 0.809017, -0.5), (0.809017, 0.5, 0.30901699), (0.5, -0.309017, -0.80901699)197.1, -121.8145, 318.9145
60generate(-1), (1), (-1)394.2, 394.2

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33091.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#2: タンパク質 VP2


分子量: 28878.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26157.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A8BJF8*PLUS
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7437.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q33C85, UniProt: Q8QWB2*PLUS
#5: タンパク質 Complement decay-accelerating factor


分子量: 21307.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD55, CR, DAF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08174

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1E30 F-particle in complex with CD55COMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2E30 F-particle in complex with FcRnCOMPLEX#1-#41NATURAL
3CD55 or DAF (decay-accelerating factor)COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Echovirus E30 (ウイルス)41846
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 30 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2RELION3画像取得
4RELIONCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1016 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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