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- PDB-7c1d: Cryo-EM structure of the hE46K cross-seeded hWT alpha-synuclein fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1d
タイトルCryo-EM structure of the hE46K cross-seeded hWT alpha-synuclein fibril
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / dopamine biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dopamine metabolic process / response to iron(II) ion / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / SNARE complex assembly / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle priming / synaptic vesicle transport / Lewy body / synaptic vesicle exocytosis / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / protein kinase inhibitor activity / regulation of dopamine secretion / positive regulation of receptor recycling / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / nuclear outer membrane / dynein complex binding / synaptic transmission, dopaminergic / response to magnesium ion / positive regulation of endocytosis / negative regulation of serotonin uptake / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / kinesin binding / regulation of presynapse assembly / alpha-tubulin binding / synaptic vesicle endocytosis / beta-tubulin binding / behavioral response to cocaine / phospholipase binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / supramolecular fiber organization / response to type II interferon / cellular response to epinephrine stimulus / inclusion body / response to interleukin-1 / Hsp70 protein binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to copper ion / axon terminus / enzyme inhibitor activity / glutathione metabolic process / SNARE binding / protein tetramerization / regulation of microtubule cytoskeleton organization / receptor internalization / phosphoprotein binding / microglial cell activation / protein destabilization / protein sequestering activity / tubulin binding / ferrous iron binding / synapse organization / phospholipid binding / PKR-mediated signaling / tau protein binding / enzyme activator activity / positive regulation of inflammatory response / terminal bouton / actin cytoskeleton / synaptic vesicle membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / growth cone / actin binding / cellular response to oxidative stress / histone binding / cell cortex / microtubule binding / amyloid fibril formation / mitochondrial outer membrane / lysosome / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / ribosome / mitochondrial matrix / Amyloid fiber formation / copper ion binding / protein domain specific binding / axon / neuronal cell body / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sun, Y.P. / Zhao, K. / Liu, C.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Wild-type α-synuclein inherits the structure and exacerbated neuropathology of E46K mutant fibril strain by cross-seeding.
著者: Houfang Long / Weitong Zheng / Yang Liu / Yunpeng Sun / Kun Zhao / Zhenying Liu / Wencheng Xia / Shiran Lv / Zhengtao Liu / Dan Li / Kai-Wen He / Cong Liu /
要旨: Heterozygous point mutations of α-synuclein (α-syn) have been linked to the early onset and rapid progression of familial Parkinson's diseases (fPD). However, the interplay between hereditary ...Heterozygous point mutations of α-synuclein (α-syn) have been linked to the early onset and rapid progression of familial Parkinson's diseases (fPD). However, the interplay between hereditary mutant and wild-type (WT) α-syn and its role in the exacerbated pathology of α-syn in fPD progression are poorly understood. Here, we find that WT mice inoculated with the human E46K mutant α-syn fibril (hE46K) strain develop early-onset motor deficit and morphologically different α-syn aggregation compared with those inoculated with the human WT fibril (hWT) strain. By using cryo-electron microscopy, we reveal at the near-atomic level that the hE46K strain induces both human and mouse WT α-syn monomers to form the fibril structure of the hE46K strain. Moreover, the induced hWT strain inherits most of the pathological traits of the hE46K strain as well. Our work suggests that the structural and pathological features of mutant strains could be propagated by the WT α-syn in such a way that the mutant pathology would be amplified in fPD.
履歴
登録2020年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30269
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Alpha-synuclein
A: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
F: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8576
ポリマ－86,8576
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15840 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14190 Å2

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: the hE46K cross-seeded hWT alpha-synuclein fibril / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -179.53 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.42 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11867 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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