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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bvp | |||||||||
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タイトル | AdhE spirosome in extended conformation | |||||||||
要素 | Aldehyde-alcohol dehydrogenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Spirosome / Aldehyde dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase / NADH / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization ...ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization / response to oxidative stress / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, G.J. / Song, J.J. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Aldehyde-alcohol dehydrogenase undergoes structural transition to form extended spirosomes for substrate channeling. 著者: Gijeong Kim / Jinsol Yang / Juwon Jang / Jin-Seok Choi / Andrew J Roe / Olwyn Byron / Chaok Seok / Ji-Joon Song / 要旨: Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is an enzyme responsible for converting acetyl-CoA to ethanol via acetaldehyde using NADH. AdhE is composed of two catalytic domains of aldehyde dehydrogenase ...Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is an enzyme responsible for converting acetyl-CoA to ethanol via acetaldehyde using NADH. AdhE is composed of two catalytic domains of aldehyde dehydrogenase (ALDH) and alcohol dehydrogenase (ADH), and forms a spirosome architecture critical for AdhE activity. Here, we present the atomic resolution (3.43 Å) cryo-EM structure of AdhE spirosomes in an extended conformation. The cryo-EM structure shows that AdhE spirosomes undergo a structural transition from compact to extended forms, which may result from cofactor binding. This transition leads to access to a substrate channel between ALDH and ADH active sites. Furthermore, prevention of this structural transition by crosslinking hampers the activity of AdhE, suggesting that the structural transition is important for AdhE activity. This work provides a mechanistic understanding of the regulation mechanisms of AdhE activity via structural transition, and a platform to modulate AdhE activity for developing antibiotics and for facilitating biofuel production. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bvp.cif.gz | 864.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bvp.ent.gz | 718.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bvp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bvp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bvp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bvp_validation.xml.gz | 132.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bvp_validation.cif.gz | 194.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96388.258 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: adhE, ana, b1241, JW1228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A9Q7, alcohol dehydrogenase, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AdhE Spirosome in extended conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 96.3 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40.76 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 412581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71599 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |