+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7boj | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the encapsulin shell from Mycobacterium smegmatis | |||||||||||||||
要素 | 29 kDa antigen Cfp29 | |||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Nanocompartment / Icosahedral shell / Cargo loaded | |||||||||||||||
機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / peptidase activity / defense response to bacterium / 29 kDa antigen Cfp29 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tang, Y.T. / Mu, A. / Gong, H.R. / Wang, Q. / Rao, Z.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of DyP-loaded encapsulin. 著者: Yanting Tang / An Mu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Weiwei Wang / Yuezheng Lai / Xiaoting Zhou / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hongri Gong / Quan Wang / Zihe Rao / 要旨: Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact ...Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact and function. Here, we have isolated a native cargo-packaging encapsulin from and determined its complete high-resolution structure by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This encapsulin comprises an icosahedral shell and a dodecameric DyP cargo. The dodecameric DyP consists of two hexamers with a twofold axis of symmetry and stretches across the interior of the encapsulin. Our results reveal that the encapsulin shell plays a role in stabilizing the dodecameric DyP. Furthermore, we have proposed a potential mechanism for removing the hydrogen peroxide based on the structural features. Our study also suggests that the DyP is the primary cargo protein of mycobacterial encapsulins and is a potential target for antituberculosis drug discovery. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7boj.cif.gz | 56.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7boj.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7boj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7boj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7boj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28761.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R4H0 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68701 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3DKT PDB chain-ID: A / Accession code: 3DKT / Source name: PDB / タイプ: experimental model |