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- PDB-7b9v: Yeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9v
タイトルYeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18/Slu7 bound
要素
  • (Pre-mRNA-processing ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 12
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • 5' exon of UBC4 mRNA
  • BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0054360.mRNA.1.CDS.1
  • BUD31 isoform 1
  • Branched intron and 3' exon of UBC4 pre-mRNA
  • CDC40 isoform 1
  • CLF1 isoform 1
  • CWC22 isoform 1
  • HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1
  • NTC20 isoform 1
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • SNT309 isoform 1
  • SYF1 isoform 1
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Splicing factor YJU2
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Unassigned structure
  • Y55_G0042700.mRNA.1.CDS.1
キーワードSPLICING / spliceosome / RNA / ribozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


second spliceosomal transesterification activity / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding ...second spliceosomal transesterification activity / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA splicing Prp18-interacting factor / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / cwf21 ...Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA splicing Prp18-interacting factor / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / cwf21 / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Helix hairpin bin domain superfamily / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / : / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Elongation factor Tu domain 2 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / D-chiro inositol hexakisphosphate / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / : ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / D-chiro inositol hexakisphosphate / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / : / SNU114 isoform 1 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / : / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / : / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / MSL1 isoform 1 / BUD31 isoform 1 / : / BJ4_G0054360.mRNA.1.CDS.1 / : / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / : / : / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Fica, S.M. / Galej, W.P. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)SPLICE3D 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis for conformational equilibrium of the catalytic spliceosome.
著者: Max E Wilkinson / Sebastian M Fica / Wojciech P Galej / Kiyoshi Nagai /
要旨: The ATPase Prp16 governs equilibrium between the branching (B/C) and exon ligation (C/P) conformations of the spliceosome. Here, we present the electron cryomicroscopy reconstruction of the ...The ATPase Prp16 governs equilibrium between the branching (B/C) and exon ligation (C/P) conformations of the spliceosome. Here, we present the electron cryomicroscopy reconstruction of the Saccharomyces cerevisiae C-complex spliceosome at 2.8 Å resolution and identify a novel C-complex intermediate (C) that elucidates the molecular basis for this equilibrium. The exon-ligation factors Prp18 and Slu7 bind to C before ATP hydrolysis by Prp16 can destabilize the branching conformation. Biochemical assays suggest that these pre-bound factors prime the C complex for conversion to C by Prp16. A complete model of the Prp19 complex (NTC) reveals how the branching factors Yju2 and Isy1 are recruited by the NTC before branching. Prp16 remodels Yju2 binding after branching, allowing Yju2 to remain tethered to the NTC in the C complex to promote exon ligation. Our results explain how Prp16 action modulates the dynamic binding of step-specific factors to alternatively stabilize the C or C conformation and establish equilibrium of the catalytic spliceosome.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
D: Splicing factor YJU2
E: 5' exon of UBC4 mRNA
F: Pre-mRNA-splicing factor CWC25
G: Pre-mRNA-splicing factor ISY1
H: CWC22 isoform 1
I: Branched intron and 3' exon of UBC4 pre-mRNA
J: BJ4_G0054360.mRNA.1.CDS.1
K: Pre-mRNA-processing protein 45
L: BUD31 isoform 1
M: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
N: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
O: Y55_G0042700.mRNA.1.CDS.1
P: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
Q: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
S: CLF1 isoform 1
T: SYF1 isoform 1
W: HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1
X: Unassigned structure
Y: BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1
Z: NTC20 isoform 1
a: Pre-mRNA-splicing factor 18
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
c: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
o: CDC40 isoform 1
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
s: SNT309 isoform 1
t: Pre-mRNA-processing factor 19
u: Pre-mRNA-processing factor 19
v: Pre-mRNA-processing factor 19
w: Pre-mRNA-processing factor 19
y: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,572,42067
ポリマ－2,570,52850
非ポリマー1,89117
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 5種, 5分子 256EI

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#8: RNA鎖 5' exon of UBC4 mRNA


分子量: 15041.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#12: RNA鎖 Branched intron and 3' exon of UBC4 pre-mRNA


分子量: 30200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 12種, 12分子 ACFGMNPQRacy

#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 / Prp8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / SNU114 isoform 1


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PW35
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC25


分子量: 20010.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q526
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ISY1


分子量: 27625.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8S636
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q155
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0Z2
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15


分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Y8G8
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16


分子量: 121815.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8RSY7
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZG6
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 18


分子量: 28414.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX22
#30: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLU7


分子量: 44722.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8RGB0
#40: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor syf2


分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX61

-
タンパク質 , 15種, 16分子 BDHJLOSTWXYZbkos

#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246 / yeast Brr2


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#7: タンパク質 Splicing factor YJU2


分子量: 33360.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1B9A1
#11: タンパク質 CWC22 isoform 1


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1E9
#13: タンパク質 BJ4_G0054360.mRNA.1.CDS.1 / PRP46 isoform 1


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q605
#15: タンパク質 BUD31 isoform 1 / EM14S01-3B_G0005920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006010.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0005970.mRNA.1.CDS.1 / ...EM14S01-3B_G0005920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006010.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0005970.mRNA.1.CDS.1 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / SX2_G0005960.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0005950.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0006020.mRNA.1.CDS.1


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3N1
#18: タンパク質 Y55_G0042700.mRNA.1.CDS.1


分子量: 67085.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZW46
#22: タンパク質 CLF1 isoform 1 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1


分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PT67
#23: タンパク質 SYF1 isoform 1


分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0A4
#24: タンパク質 HLJ1_G0053790.mRNA.1.CDS.1 / LEA1 isoform 1 / Y55_G0053650.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2G3
#25: タンパク質 Unassigned structure


分子量: 20443.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#26: タンパク質 BJ4_G0027490.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0027200.mRNA.1.CDS.1 / MSL1 isoform 1 / SX2_G0029270.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0027550.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q318
#27: タンパク質 NTC20 isoform 1


分子量: 15992.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1C0
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB / U5 SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40018
#37: タンパク質 CDC40 isoform 1


分子量: 52208.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYD5
#38: タンパク質 SNT309 isoform 1 / Y55_G0056570.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q641

-
Pre-mRNA-processing ... , 2種, 5分子 Ktuvw

#14: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTY9
#39: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PQI0, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm

#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / U5 SmD3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P43321
#32: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE / U5 SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q12330
#33: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P54999
#34: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40204
#35: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1 / U4 SmD1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q02260
#36: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / SmD2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q06217

-
非ポリマー , 5種, 17分子

#41: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#42: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#43: 化合物 ChemComp-KGN / D-chiro inositol hexakisphosphate / D-chiro-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#44: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#45: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast C complex spliceosome with Prp18/Slu7 bound / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#40 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 9 / 実像数: 24115

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
ISOLDE1.0.1モデル構築
UCSF ChimeraX1.0/v9モデル構築
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9.4モデルフィッティング
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXdev-3965モデル精密化
14ISOLDE1.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 403474 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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