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万見
- PDB-7b4l: CryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4l
タイトルCryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2
要素Sodium/hydrogen exchanger 9B2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / secondary active transporter / membrane transport / ion antiport / pH regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / : / sodium ion transport ...lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / : / sodium ion transport / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / mitochondrial membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle membrane / sperm principal piece / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / Chem-POV / UNDECANE / Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Woehlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB807 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2
著者: Woehlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
B: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,06324
ポリマ－115,2232
非ポリマー5,84022
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13260 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area35920 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLUN1 - 443
d_12ens_1NANAO
d_13ens_1POVPOVP
d_14ens_1POVPOVQ
d_15ens_1C14C14R
d_16ens_1C14C14S
d_17ens_1C14C14T
d_18ens_1UNDUNDU
d_19ens_1UNDUNDV
d_110ens_1UNDUNDW
d_111ens_1UNDUNDX
d_112ens_1UNDUNDY
d_21ens_1PROGLUA1 - 443
d_22ens_1NANAB
d_23ens_1POVPOVC
d_24ens_1POVPOVD
d_25ens_1C14C14E
d_26ens_1C14C14F
d_27ens_1C14C14G
d_28ens_1UNDUNDH
d_29ens_1UNDUNDI
d_210ens_1UNDUNDJ
d_211ens_1UNDUNDK
d_212ens_1UNDUNDL

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999999982, 5.59715458854E-6, 1.92899463423E-6), (-5.59715564979E-6, -0.999999999984, -5.5014751263E-7), (1.92899155494E-6, -5.50158309504E-7, 0.999999999998) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999999999982, 5.59715458854E-6, 1.92899463423E-6), (-5.59715564979E-6, -0.999999999984, -5.5014751263E-7), (1.92899155494E-6, -5.50158309504E-7, 0.999999999998)
ベクター: 96.5695181285, 92.2782140751, -3.16066012402E-5)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sodium/hydrogen exchanger 9B2 / Na(+)/H(+) exchanger NHA2 / Na(+)/H(+) exchanger-like domain-containing protein 2 / NHE domain- ...Na(+)/H(+) exchanger NHA2 / Na(+)/H(+) exchanger-like domain-containing protein 2 / NHE domain-containing protein 2 / Sodium/hydrogen exchanger-like domain-containing protein 2 / Solute carrier family 9 subfamily B member 2


分子量: 57611.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9B2, NHA2, NHEDC2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q86UD5

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非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-C14 / TETRADECANE


分子量: 198.388 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#5: 化合物
ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 156.308 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human sodium proton exchanger NHA2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 4326

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2243669
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165793 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 57.82 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00257122
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53499572
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03811146
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051122
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.41751212
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.000383998782733 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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