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万見
- PDB-7b0u: Stressosome complex from Listeria innocua -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0u
タイトルStressosome complex from Listeria innocua
要素
  • (RsbR protein) x 4
  • RsbS protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Stressosome / stress sensing / general stress response / phosphorylation cascade
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
RsbS co-antagonist protein RsbRA N-terminal domain / Rsbr N terminal / : / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin
類似検索 - ドメイン・相同性
RsbS protein / RsbR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua serovar 6a
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Miksys, A. / Fu, L. / Madej, M.G. / Ziegler, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission721456 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into intra-complex signal transmission during stressosome activation.
著者: Algirdas Miksys / Lifei Fu / M Gregor Madej / Duarte N Guerreiro / Susann Kaltwasser / Maria Conway / Sema Ejder / Astrid Bruckmann / Jon Marles-Wright / Richard J Lewis / Conor O'Byrne / Jan ...著者: Algirdas Miksys / Lifei Fu / M Gregor Madej / Duarte N Guerreiro / Susann Kaltwasser / Maria Conway / Sema Ejder / Astrid Bruckmann / Jon Marles-Wright / Richard J Lewis / Conor O'Byrne / Jan Pané-Farré / Christine Ziegler /
要旨: The stressosome is a pseudo-icosahedral megadalton bacterial stress-sensing protein complex consisting of several copies of two STAS-domain proteins, RsbR and RsbS, and the kinase RsbT. Upon ...The stressosome is a pseudo-icosahedral megadalton bacterial stress-sensing protein complex consisting of several copies of two STAS-domain proteins, RsbR and RsbS, and the kinase RsbT. Upon perception of environmental stress multiple copies of RsbT are released from the surface of the stressosome. Free RsbT activates downstream proteins to elicit a global cellular response, such as the activation of the general stress response in Gram-positive bacteria. The molecular events triggering RsbT release from the stressosome surface remain poorly understood. Here we present the map of Listeria innocua RsbR1/RsbS complex at resolutions of 3.45 Å for the STAS domain core in icosahedral symmetry and of 3.87 Å for the STAS domain and N-terminal sensors in D2 symmetry, respectively. The structure reveals a conformational change in the STAS domain linked to phosphorylation in RsbR. Docking studies indicate that allosteric RsbT binding to the conformationally flexible N-terminal sensor domain of RsbR affects the affinity of RsbS towards RsbT. Our results bring to focus the molecular events within the stressosome complex and further our understanding of this ubiquitous signaling hub.
履歴
登録2020年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11971
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11971
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RsbR protein
B: RsbR protein
C: RsbR protein
D: RsbR protein
E: RsbS protein
F: RsbS protein
G: RsbR protein
H: RsbR protein
I: RsbS protein
J: RsbR protein
M: RsbR protein
N: RsbS protein
O: RsbS protein
P: RsbR protein
Q: RsbR protein
K: RsbR protein
L: RsbR protein
R: RsbR protein
S: RsbR protein
T: RsbS protein
U: RsbS protein
V: RsbR protein
W: RsbR protein
X: RsbS protein
Y: RsbR protein
Z: RsbR protein
a: RsbS protein
b: RsbS protein
c: RsbR protein
d: RsbR protein
e: RsbR protein
f: RsbR protein
g: RsbR protein
h: RsbR protein
i: RsbS protein
j: RsbS protein
k: RsbR protein
l: RsbR protein
m: RsbS protein
n: RsbR protein
o: RsbR protein
p: RsbS protein
q: RsbS protein
r: RsbR protein
s: RsbR protein
t: RsbR protein
u: RsbR protein
v: RsbR protein
w: RsbR protein
x: RsbS protein
y: RsbS protein
z: RsbR protein
0: RsbR protein
1: RsbS protein
2: RsbR protein
3: RsbR protein
4: RsbS protein
5: RsbS protein
6: RsbR protein
7: RsbR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,522,55760
ポリマ－1,522,55760
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area173600 Å2
ΔGint-1342 kcal/mol
Surface area608290 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
RsbR protein


分子量: 31704.586 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92DC6
#2: タンパク質
RsbR protein


分子量: 31784.566 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92DC6
#3: タンパク質
RsbS protein


分子量: 12606.707 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: rsbS / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7AP18
#4: タンパク質
RsbR protein


分子量: 31864.547 Da / 分子数: 4 / Mutation: T175/241-TPO / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92DC6
#5: タンパク質
RsbR protein


分子量: 31784.566 Da / 分子数: 4 / Mutation: T175-TPO / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: RsbR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92DC6
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: stressosome complex RsbR and RsbS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMtrisC4H11NO31
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc5_4047: phenix.real_space_refine / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION3３次元再構成
13cryoSPARCV2３次元再構成
14PHENIX1.19rc5_4047モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32031 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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