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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b09 | ||||||
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タイトル | Puumala virus glycoprotein (Gc) in complex with fab fragment P-4G2. | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / VLP / virus-like particle / Puumala / PUUV / glycoprotein / spike / fab / P-4G2 / antibody / epitope | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Myodes glareolus (ネズミ) Puumala orthohantavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.4 Å | ||||||
データ登録者 | Rissanen, I. / Stass, R. / Huiskonen, J.T. / Bowden, T.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Molecular rationale for antibody-mediated targeting of the hantavirus fusion glycoprotein. 著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / ...著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / Katie J Doores / Juha T Huiskonen / Thomas A Bowden / 要旨: The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. ...The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. Through study of a neutralizing monoclonal antibody termed mAb P-4G2, which neutralizes the zoonotic pathogen Puumala virus (PUUV), we provide a molecular-level basis for antibody-mediated targeting of the hantaviral glycoprotein lattice. Crystallographic analysis demonstrates that P-4G2 binds to a multi-domain site on PUUV Gc and may preclude fusogenic rearrangements of the glycoprotein that are required for host-cell entry. Furthermore, cryo-electron microscopy of PUUV-like particles in the presence of P-4G2 reveals a lattice-independent configuration of the Gc, demonstrating that P-4G2 perturbs the (Gn-Gc) lattice. This work provides a structure-based blueprint for rationalizing antibody-mediated targeting of hantaviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b09.cif.gz | 461.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b09.ent.gz | 388.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b09 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 49827.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス) 遺伝子: gpc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WJ31 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 40061.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス) 遺伝子: gpc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WJ31 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 25018.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myodes glareolus (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23881.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myodes glareolus (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 3種, 3分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Puumala virus - Sotkamo / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Puumala virus - Sotkamo (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Myodes glareolus |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 4.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Dynamo / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 13.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1721 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 56 / Num. of volumes extracted: 71216 |