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万見
- PDB-7ari: LolCDE apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ari
タイトルLolCDE apo structure
要素
  • Lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit LolC
  • Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
  • Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
キーワードPROTEIN TRANSPORT / LolCDE / lipoprotein / lipoprotein transporter / lipoprotein sorting and transport
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein releasing system, ATP-binding protein / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE, gammaproteobacteria type / Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain ...Lipoprotein releasing system, ATP-binding protein / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE, gammaproteobacteria type / Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit LolC / Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD / Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Tang, X.D. / Chang, S.H. / Zhang, K. / Wang, T. / Luo, Q.H. / Qiao, W. / Wang, C. / Zhang, Z.B. / Zhang, Z.Y. / Zhu, X.F. ...Tang, X.D. / Chang, S.H. / Zhang, K. / Wang, T. / Luo, Q.H. / Qiao, W. / Wang, C. / Zhang, Z.B. / Zhang, Z.Y. / Zhu, X.F. / Dong, C.J. / Zhang, X. / Dong, H.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for bacterial lipoprotein relocation by the transporter LolCDE.
著者: Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Ke Zhang / Qinghua Luo / Zhengyu Zhang / Ting Wang / Wen Qiao / Chen Wang / Chongrong Shen / Zhibo Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Xing Zhang / Haohao Dong /
要旨: Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the ...Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the inner membrane, lipoproteins must be transported to the outer membrane through the Lol pathway mediated by the ATP-binding cassette transporter LolCDE in the inner membrane via an unknown mechanism. Here, we report cryo-EM structures of Escherichia coli LolCDE in apo, lipoprotein-bound, LolA-bound, ADP-bound and AMP-PNP-bound states at a resolution of 3.2-3.8 Å, covering the complete lipoprotein transport cycle. Mutagenesis and in vivo viability assays verify features of the structures and reveal functional residues and structural characteristics of LolCDE. The results provide insights into the mechanisms of sorting and transport of outer-membrane lipoproteins and may guide the development of novel therapies against multidrug-resistant Gram-negative bacteria.
履歴
登録2020年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11883
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit LolC
E: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
F: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
D: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,8344
ポリマ－141,8344
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit LolC


分子量: 43295.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lolC, FAZ83_19940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A4S5ATA9
#2: タンパク質 Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE


分子量: 45385.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lolE, ycfW, b1118, JW1104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P75958
#3: タンパク質 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD


分子量: 26576.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lolD, ycfV, b1117, JW5162 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: P75957, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LolCDE apo structure / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43 / プラスミド: pTRC99a
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl and 0.05% LMNG
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Three protein complex
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
4GctfCTF補正
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 3702388
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172703 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15NAA

5naa

C5NAA1
25UDF

5udf

E5UDF2
32PCL

2pcl

D2PCL3
42PCL

2pcl

F2PCL3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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