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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7anz | ||||||
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タイトル | Structure of the Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / gamma-Tubulin Small Complex / Cytoskeleton / Microtubule nucleation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-tubulin small complex / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle ...gamma-tubulin small complex / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zupa, E. / Pfeffer, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: The cryo-EM structure of a γ-TuSC elucidates architecture and regulation of minimal microtubule nucleation systems. 著者: Erik Zupa / Anjun Zheng / Annett Neuner / Martin Würtz / Peng Liu / Anna Böhler / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer / 要旨: The nucleation of microtubules from αβ-tubulin subunits is mediated by γ-tubulin complexes, which vary in composition across organisms. Aiming to understand how de novo microtubule formation is ...The nucleation of microtubules from αβ-tubulin subunits is mediated by γ-tubulin complexes, which vary in composition across organisms. Aiming to understand how de novo microtubule formation is achieved and regulated by a minimal microtubule nucleation system, we here determined the cryo-electron microscopy structure of the heterotetrameric γ-tubulin small complex (γ-TuSC) from C. albicans at near-atomic resolution. Compared to the vertebrate γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), we observed a vastly remodeled interface between the SPC/GCP-γ-tubulin spokes, which stabilizes the complex and defines the γ-tubulin arrangement. The relative positioning of γ-tubulin subunits indicates that a conformational rearrangement of the complex is required for microtubule nucleation activity, which follows opposing directionality as predicted for the vertebrate γ-TuRC. Collectively, our data suggest that the assembly and regulation mechanisms of γ-tubulin complexes fundamentally differ between the microtubule nucleation systems in lower and higher eukaryotes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7anz.cif.gz | 381.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7anz.ent.gz | 304 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7anz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7anz_validation.pdf.gz | 791.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7anz_full_validation.pdf.gz | 803.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7anz_validation.xml.gz | 54.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7anz_validation.cif.gz | 83 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56532.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: TUB4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O93807 #2: タンパク質 | | 分子量: 101660.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: CAALFM_CR06740WA, orf19.708 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q59PZ2 #3: タンパク質 | | 分子量: 92296.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: SPC98, CAALFM_CR01990CA, orf19.2600 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A1D8PS42 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: gamma-Tubulin Small Complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex expressed and purified from SF21 cells Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.3067 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Candida albicans (酵母) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Gatan Solarus 950 plasma cleaner / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1399 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1860000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 274326 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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