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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ah9 | |||||||||
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タイトル | Substrate-engaged type 3 secretion system needle complex from Salmonella enterica typhimurium - SpaR state 1 | |||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / T3SS / Export Apparatus / Injectisome / Needle Complex / Substrate | |||||||||
機能・相同性 | ![]() The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region ...The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Fahrenkamp, D. / Goessweiner-Mohr, N. / Miletic, S. / Wald, J. / Marlovits, T. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate-engaged type III secretion system structures reveal gating mechanism for unfolded protein translocation. 著者: Sean Miletic / Dirk Fahrenkamp / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Jiri Wald / Maurice Pantel / Oliver Vesper / Vadim Kotov / Thomas C Marlovits / ![]() ![]() 要旨: Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome ...Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome is the needle complex which assembles a continuous conduit crossing the bacterial envelope and the host cell membrane to mediate effector protein translocation. However, the molecular principles underlying type III secretion remain elusive. Here, we report a structure of an active Salmonella enterica serovar Typhimurium needle complex engaged with the effector protein SptP in two functional states, revealing the complete 800Å-long secretion conduit and unraveling the critical role of the export apparatus (EA) subcomplex in type III secretion. Unfolded substrates enter the EA through a hydrophilic constriction formed by SpaQ proteins, which enables side chain-independent substrate transport. Above, a methionine gasket formed by SpaP proteins functions as a gate that dilates to accommodate substrates while preventing leaky pore formation. Following gate penetration, a moveable SpaR loop first folds up to then support substrate transport. Together, these findings establish the molecular basis for substrate translocation through T3SSs and improve our understanding of bacterial pathogenicity and motility. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 415.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 670.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Surface presentation of antigens protein ... , 3種, 10分子 1A1B1C1D1E1F1G1H1I1J
#1: タンパク質 | 分子量: 25249.596 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P40700 #2: タンパク質 | | 分子量: 28499.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P40701 #3: タンパク質 | 分子量: 9363.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A1L7 |
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-タンパク質 , 6種, 143分子 1K1L1M1N1O1P1Z2A2B2C2D2E2F2G2H2I2J2K2L2M2N2O2P2Q2R2S2T2U2V2W...
#4: タンパク質 | 分子量: 10934.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P41785 #5: タンパク質 | | 分子量: 12017.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SptP3xGFP sequence modeled as poly-alanine and named as unknown (UNK) in the coordinate file 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 8864.868 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P41784 #7: タンパク質 | 分子量: 61835.559 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P35672 #8: タンパク質 | 分子量: 28245.287 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P41786 #9: タンパク質 | 分子量: 44509.367 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P41783 |
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-非ポリマー , 2種, 14分子 ![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-3PH / #11: 化合物 | ChemComp-LDA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Substrate-engaged T3SS needle complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.84 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77411 / 対称性のタイプ: POINT |