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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aa5 | ||||||
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タイトル | Human TRPV4 structure in presence of 4a-PDD | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4,Green fluorescent protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel. open-conformation / agonist / 4a-PDD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / cortical microtubule organization / regulation of response to osmotic stress / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / multicellular organismal-level water homeostasis / osmosensory signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / cell volume homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / calcium ion import / cell-cell junction assembly / TRP channels / regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis / beta-tubulin binding / cytoplasmic microtubule / diet induced thermogenesis / microtubule polymerization / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / response to mechanical stimulus / SH2 domain binding / filopodium / actin filament organization / adherens junction / protein kinase C binding / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of JNK cascade / ruffle membrane / response to insulin / calcium channel activity / cilium / actin filament binding / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / calcium ion transport / serine-type endopeptidase inhibitor activity / glucose homeostasis / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to heat / growth cone / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / response to hypoxia / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | ||||||
データ登録者 | Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. ...Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / Hennig, M. / Holton, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structural studies of the agonist complexed human TRPV4 ion-channel reveals novel structural rearrangements resulting in an open-conformation 著者: Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / ...著者: Botte, M. / Ulrich, A.K.G. / Adaixo, R. / Gnutt, D. / Brockmann, A. / Bucher, D. / Chami, M. / Bocquet, M. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Puetter, V. / Becker, A. / Egner, U. / Stahlberg, H. / Hennig, M. / Holton, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aa5.cif.gz | 462.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aa5.ent.gz | 361.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aa5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aa5_validation.pdf.gz | 934.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7aa5_full_validation.pdf.gz | 1002.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7aa5_validation.xml.gz | 76.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aa5_validation.cif.gz | 111.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106241.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: TRPV4, VRL2, VROAC, GFP 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: Q9HBA0, UniProt: P42212 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human TRPV4 in complex with 4a-PDD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51215 / 対称性のタイプ: POINT |