PDB-7zy6: Identification of M4205 a highly selective inhibitor of cKIT muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zy6

タイトル

Identification of M4205 a highly selective inhibitor of cKIT mutations for unresectable metastatic or recurrent GIST

要素

HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT

キーワード

TRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / cKIT

機能・相同性

Chem-KCI

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Graedler, U. / Lammens, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Identification of M4205─A Highly Selective Inhibitor of KIT Mutations for Treatment of Unresectable Metastatic or Recurrent Gastrointestinal Stromal Tumors.
著者: Blum, A. / Dorsch, D. / Linde, N. / Brandstetter, S. / Buchstaller, H.P. / Busch, M. / Glaser, N. / Gradler, U. / Ruff, A. / Petersson, C. / Schieferstein, H. / Sherbetjian, E. / Esdar, C.

履歴

登録	2022年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zy6.cif.gz	135.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zy6.ent.gz	105.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zy6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zy6_validation.pdf.gz	708 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zy6_full_validation.pdf.gz	711.9 KB	表示
XML形式データ	7zy6_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	7zy6_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zw8C 3g0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.944, 78.806, 97.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT 分子量: 37177.957 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物	ChemComp-KCI / 5-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl-~{N}-[(1~{R})-1-(6-pyrrolidin-1-ylpyridin-3-yl)ethyl]pyridin-3-amine 分子量: 384.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 5.0% PEG8000, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→61.17 Å / Num. obs: 6583 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 131.06 Å² / R_rim(I) all: 0.034 / R_sym value: 0.028 / Net I/σ(I): 24.78
反射シェル	解像度: 3.09→3.34 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 1361 / R_rim(I) all: 0.581 / R_sym value: 0.472 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.8 (3-FEB-2022)	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G0E

3g0e

解像度: 3.09→41.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.554

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2977	501	7.61 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.2257	6583	96 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 190.68 Å² / B_iso mean: 131.62 Å² / B_iso min: 61.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.7661 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.0236 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.7426 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.44 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.09→41.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2330	0	29	1	2360
B_iso mean	-	-	87.27	61.66	-
残基数	-	-	-	-	293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	837	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	395	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2418	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	305	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1936	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2418	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3269	HARMONIC	2	0.97
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.67
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.66

LS精密化シェル

解像度: 3.09→3.13 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3454	15	5.68 %
R_work	0.3516	249	-
all	0.3513	264	-
obs	-	-	98.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.1828 Å / Origin y: 5.5676 Å / Origin z: -21.7697 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2759 Å²	0.1288 Å²	-0.1469 Å²	-	0.0419 Å²	-0.1383 Å²	-	-	-0.1849 Å²
L	5.4936 °²	-0.4924 °²	-0.3195 °²	-	0.7748 °²	2.9104 °²	-	-	8.3154 °²
S	0.223 Å °	0.5186 Å °	-0.5442 Å °	0.5167 Å °	0.0982 Å °	0.1139 Å °	0.44 Å °	0.2688 Å °	-0.3212 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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