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万見
- PDB-7zy6: Identification of M4205 a highly selective inhibitor of cKIT muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zy6
タイトルIdentification of M4205 a highly selective inhibitor of cKIT mutations for unresectable metastatic or recurrent GIST
要素HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT
キーワードTRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / cKIT
機能・相同性Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta / Chem-KCI
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Graedler, U. / Lammens, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Identification of M4205─A Highly Selective Inhibitor of KIT Mutations for Treatment of Unresectable Metastatic or Recurrent Gastrointestinal Stromal Tumors.
著者: Blum, A. / Dorsch, D. / Linde, N. / Brandstetter, S. / Buchstaller, H.P. / Busch, M. / Glaser, N. / Gradler, U. / Ruff, A. / Petersson, C. / Schieferstein, H. / Sherbetjian, E. / Esdar, C.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5622
ポリマ－37,1781
非ポリマー3841
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.944, 78.806, 97.039
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HUMAN PROTO-ONCOGENE C-KIT


分子量: 37177.957 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物 ChemComp-KCI / 5-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl-~{N}-[(1~{R})-1-(6-pyrrolidin-1-ylpyridin-3-yl)ethyl]pyridin-3-amine


分子量: 384.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 5.0% PEG8000, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→61.17 Å / Num. obs: 6583 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 131.06 Å2 / Rrim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 24.78
反射 シェル解像度: 3.09→3.34 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 1361 / Rrim(I) all: 0.581 / Rsym value: 0.472 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G0E

3g0e


解像度: 3.09→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.554
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2977 501 7.61 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2257 6583 96 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.68 Å2 / Biso mean: 131.62 Å2 / Biso min: 61.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.7661 Å20 Å20 Å2
2--8.0236 Å20 Å2
3---9.7426 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 29 1 2360
Biso mean--87.27 61.66 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d837SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes395HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2418HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion305SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1936SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2418HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3269HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.66
LS精密化 シェル解像度: 3.09→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3454 15 5.68 %
Rwork0.3516 249 -
all0.3513 264 -
obs--98.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1828 Å / Origin y: 5.5676 Å / Origin z: -21.7697 Å
111213212223313233
T-0.2759 Å20.1288 Å2-0.1469 Å2-0.0419 Å2-0.1383 Å2---0.1849 Å2
L5.4936 °2-0.4924 °2-0.3195 °2-0.7748 °22.9104 °2--8.3154 °2
S0.223 Å °0.5186 Å °-0.5442 Å °0.5167 Å °0.0982 Å °0.1139 Å °0.44 Å °0.2688 Å °-0.3212 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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