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- PDB-7zub: Cryo-EM structure of the indirubin-bound Hsp90-XAP2-AHR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zub
タイトルCryo-EM structure of the indirubin-bound Hsp90-XAP2-AHR complex
要素
  • AH receptor-interacting protein
  • Aryl hydrocarbon receptor
  • Heat shock protein HSP 90-beta
キーワードGENE REGULATION / complex / nuclear receptor / chemical pollutants / detoxification / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


GAF domain binding / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cellular response to molecule of bacterial origin / : / regulation of adaptive immune response / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity ...GAF domain binding / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cellular response to molecule of bacterial origin / : / regulation of adaptive immune response / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / HSP90-CDC37 chaperone complex / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / dynein axonemal particle / histone methyltransferase binding / regulation of protein kinase A signaling / Xenobiotics / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein localization to cell surface / ATP-dependent protein binding / protein kinase regulator activity / Phase I - Functionalization of compounds / protein maturation by protein folding / negative regulation of protein metabolic process / positive regulation of tau-protein kinase activity / telomerase holoenzyme complex assembly / Respiratory syncytial virus genome replication / Uptake and function of diphtheria toxin / TPR domain binding / blood vessel development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / E-box binding / dendritic growth cone / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIID-class transcription factor complex binding / : / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / The NLRP3 inflammasome / regulation of protein ubiquitination / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / telomere maintenance via telomerase / chaperone-mediated protein complex assembly / HSF1 activation / Attenuation phase / cellular response to interleukin-4 / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RHOBTB2 GTPase cycle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / axonal growth cone / DNA polymerase binding / supramolecular fiber organization / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / nitric-oxide synthase regulator activity / TBP-class protein binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / xenobiotic metabolic process / cAMP-mediated signaling / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of cell differentiation / ATP-dependent protein folding chaperone / peptide binding / circadian regulation of gene expression / Hsp90 protein binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / tau protein binding / placenta development / PPARA activates gene expression / response to toxic substance / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / kinase binding / transcription coactivator binding / histone deacetylase binding / negative regulation of inflammatory response / Chaperone Mediated Autophagy / cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / nuclear receptor activity / regulation of protein localization / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / double-stranded RNA binding / disordered domain specific binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / MHC class II protein complex binding / cellular response to heat / regulation of gene expression / secretory granule lumen / Estrogen-dependent gene expression
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / AIP/AIPL1 / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. ...Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / AIP/AIPL1 / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / Tetratricopeptide repeat / PAS repeat profile. / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-JY6 / MOLYBDATE ION / AH receptor-interacting protein / Heat shock protein HSP 90-beta / Aryl hydrocarbon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Gruszczyk, J. / Savva, C.G. / Lai-Kee-Him, J. / Bous, J. / Ancelin, A. / Kwong, H.S. / Grandvuillemin, L. / Bourguet, W.
資金援助European Union, フランス, 3件
組織認可番号国
European Union (EU)825489European Union
ATIP-AvenirR20059SP フランス
Montpellier University of Excellence (MUSE)ANR-16-IDEX-0006 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the agonist-bound Hsp90-XAP2-AHR cytosolic complex.
著者: Jakub Gruszczyk / Loïc Grandvuillemin / Josephine Lai-Kee-Him / Matteo Paloni / Christos G Savva / Pierre Germain / Marina Grimaldi / Abdelhay Boulahtouf / Hok-Sau Kwong / Julien Bous / ...著者: Jakub Gruszczyk / Loïc Grandvuillemin / Josephine Lai-Kee-Him / Matteo Paloni / Christos G Savva / Pierre Germain / Marina Grimaldi / Abdelhay Boulahtouf / Hok-Sau Kwong / Julien Bous / Aurélie Ancelin / Cherine Bechara / Alessandro Barducci / Patrick Balaguer / William Bourguet /
要旨: The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is a ligand-dependent transcription factor that mediates a broad spectrum of (patho)physiological processes in response to numerous substances including ...The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is a ligand-dependent transcription factor that mediates a broad spectrum of (patho)physiological processes in response to numerous substances including pollutants, natural products and metabolites. However, the scarcity of structural data precludes understanding of how AHR is activated by such diverse compounds. Our 2.85 Å structure of the human indirubin-bound AHR complex with the chaperone Hsp90 and the co-chaperone XAP2, reported herein, reveals a closed conformation Hsp90 dimer with AHR threaded through its lumen and XAP2 serving as a brace. Importantly, we disclose the long-awaited structure of the AHR PAS-B domain revealing a unique organisation of the ligand-binding pocket and the structural determinants of ligand-binding specificity and promiscuity of the receptor. By providing structural details of the molecular initiating event leading to AHR activation, our study rationalises almost forty years of biochemical data and provides a framework for future mechanistic studies and structure-guided drug design.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-beta
B: Heat shock protein HSP 90-beta
C: AH receptor-interacting protein
D: Aryl hydrocarbon receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,37011
ポリマ－255,8854
非ポリマー1,4857
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20110 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area79510 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-beta / HSP 90 / Heat shock 84 kDa / HSP 84 / HSP84


分子量: 84213.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AB1, HSP90B, HSPC2, HSPCB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08238
#2: タンパク質 AH receptor-interacting protein / AIP / Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein / HBV X-associated protein 2 / XAP-2 / ...AIP / Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein / HBV X-associated protein 2 / XAP-2 / Immunophilin homolog ARA9


分子量: 37691.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIP, XAP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00170
#3: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor / Ah receptor / AhR / Class E basic helix-loop-helix protein 76 / bHLHe76


分子量: 49767.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHR, BHLHE76
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35869

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非ポリマー , 4種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#7: 化合物 ChemComp-JY6 / (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one / indirubin


分子量: 262.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hsp90-XAP2-AHR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.256 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMbis-tris methaneBis-Tris1
250 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMpotassium chlorideKCl1
410 mMmagnesium chlorideMgCl21
520 mMsodium molybdateNa2MoO41
62 mM2-mercaptoethanolBME1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 1.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9300
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
8Coot0.8.9.2モデルフィッティング
10RELION3.1.1初期オイラー角割当
11RELION3.1.1最終オイラー角割当
12RELION3.1.1分類
13RELION3.1.1３次元再構成
14PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 11546649
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 678724 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15FWP

5fwp

15FWP1PDBexperimental model
24F3L

4f3l

14F3L2PDBexperimental model
34ZPR

4zpr

14ZPR3PDBexperimental model
42LKN

2lkn

12LKN4PDBexperimental model
54AIF

4aif

14AIF5PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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