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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zsm | ||||||
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タイトル | human purine nucleoside phosphorylase in complex with JS-375 | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PNP-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / nucleoside binding / guanosine phosphorylase activity / Purine catabolism / allantoin metabolic process / Purine salvage / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Djukic, S. / Pachl, P. / Rezacova, P. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Design, Synthesis, Biological Evaluation, and Crystallographic Study of Novel Purine Nucleoside Phosphorylase Inhibitors. 著者: Skacel, J. / Djukic, S. / Baszczynski, O. / Kalcic, F. / Bilek, T. / Chalupsky, K. / Kozak, J. / Dvorakova, A. / Tloust'ova, E. / Kral'ova, Z. / Smidkova, M. / Voldrich, J. / Rumlova, M. / ...著者: Skacel, J. / Djukic, S. / Baszczynski, O. / Kalcic, F. / Bilek, T. / Chalupsky, K. / Kozak, J. / Dvorakova, A. / Tloust'ova, E. / Kral'ova, Z. / Smidkova, M. / Voldrich, J. / Rumlova, M. / Pachl, P. / Brynda, J. / Vuckova, T. / Fabry, M. / Snasel, J. / Pichova, I. / Rezacova, P. / Mertlikova-Kaiserova, H. / Janeba, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zsm.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zsm.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zsm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zsm_validation.pdf.gz | 725.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zsm_full_validation.pdf.gz | 727.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zsm_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zsm_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zsm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zslC 7zsnC 7zsoC 7zspC 7zsqC 7zsrC 8c25C 3phbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32154.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNP, NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-JU9 / [(~{ | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.37 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.5 MAmmonium sulphate, 1M Lithium sulphate, 0.1 M sodium citrate pH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 18872 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.81 Å / Num. unique obs: 2997 / CC1/2: 0.417 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PHB 解像度: 2.65→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.885 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 207.78 Å2 / Biso mean: 85.268 Å2 / Biso min: 63.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→49.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.716 Å / Rfactor Rfree error: 0
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