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- PDB-7zqr: Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqr
タイトルCrystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor
要素Steroid C26-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP / P450 / monooxygenase / cholesterol / mycobacterium / inhibitor / tuberculosis / CYP125
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / biological process involved in interaction with host / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4-(4-methoxyphenyl)pyridine / Steroid C26-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Snee, M. / Katariya, M. / Tunnicliffe, R. / Levy, C. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Structure Based Discovery of Inhibitors of CYP125 and CYP142 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Katariya, M.M. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Kavanagh, M.E. / Boshoff, H.I.M. / Amadi, C.N. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Abell, C. / Leys, D. / Coyne, A.G. / McLean, K.J.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid C26-monooxygenase
B: Steroid C26-monooxygenase
C: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,56525
ポリマ－139,9903
非ポリマー3,57522
水13,241735
1
A: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,21514
ポリマ－46,6631
非ポリマー1,55113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6936
ポリマ－46,6631
非ポリマー1,0295
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6575
ポリマ－46,6631
非ポリマー9944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.782, 69.109, 144.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.008, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Steroid C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en- ...Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25S)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 125 / Steroid C27-monooxygenase


分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

-
非ポリマー , 6種, 757分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-JK9 / 4-(4-methoxyphenyl)pyridine / 4-(4-メトキシフェニル)ピリジン


分子量: 185.222 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 1.9 M Ammonium sulphate, 0.1 M MES, pH 6.2 / Temp details: 4C

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→68.22 Å / Num. obs: 126949 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6281 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.454 / Rrim(I) all: 0.816

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XN8

2xn8


解像度: 1.79→68.22 Å / SU ML: 0.2055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.4292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 6421 5.06 %
Rwork0.1799 120470 -
obs0.1813 126891 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→68.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9661 0 228 735 10624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008210342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.902914112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05711446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.12151418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.810.3062070.26663976X-RAY DIFFRACTION99.52
1.81-1.830.31752140.25114000X-RAY DIFFRACTION99.69
1.83-1.850.26462060.24064002X-RAY DIFFRACTION99.79
1.85-1.880.26221930.22994003X-RAY DIFFRACTION99.83
1.88-1.90.27872220.2313957X-RAY DIFFRACTION99.74
1.9-1.930.26532270.23964000X-RAY DIFFRACTION99.58
1.93-1.960.29232320.25663958X-RAY DIFFRACTION99.81
1.96-1.980.2752170.22713988X-RAY DIFFRACTION99.88
1.98-2.020.25512340.21894000X-RAY DIFFRACTION99.95
2.02-2.050.26272350.21693941X-RAY DIFFRACTION99.98
2.05-2.080.25722030.20554029X-RAY DIFFRACTION99.83
2.08-2.120.23752230.19823977X-RAY DIFFRACTION99.83
2.12-2.160.2241960.19214021X-RAY DIFFRACTION99.67
2.16-2.210.2282100.18623996X-RAY DIFFRACTION99.88
2.21-2.260.21692360.19284027X-RAY DIFFRACTION99.93
2.26-2.310.22442130.1873965X-RAY DIFFRACTION99.93
2.31-2.370.21892120.19224021X-RAY DIFFRACTION99.95
2.37-2.430.24062110.19464002X-RAY DIFFRACTION99.98
2.43-2.50.21122160.18344014X-RAY DIFFRACTION99.93
2.5-2.580.22242350.1854011X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.670.22752020.1864018X-RAY DIFFRACTION99.95
2.67-2.780.22051930.19434042X-RAY DIFFRACTION99.88
2.78-2.910.23111880.1894061X-RAY DIFFRACTION99.98
2.91-3.060.23212300.19924005X-RAY DIFFRACTION99.95
3.06-3.250.2281820.19824058X-RAY DIFFRACTION99.91
3.25-3.50.20722290.1744032X-RAY DIFFRACTION99.95
3.5-3.860.17072090.16324043X-RAY DIFFRACTION99.81
3.86-4.410.16182100.13964068X-RAY DIFFRACTION99.93
4.41-5.560.17052140.14324073X-RAY DIFFRACTION99.7
5.56-68.220.16472220.15944182X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8946082009620.069842895961-0.1956014454071.63740957310.1700441049370.9600093937490.0089749797218-0.000674944528029-0.0225477378779-0.043326920074-0.03217965680680.0527971594340.0491989523114-0.03534124598720.02323965398140.1108580965040.00775657092903-0.02462141092260.1698223573310.004041498188470.19965741109313.83329251824.1570639378768.286213961
21.1576366155-0.060853118958-0.4252102051521.67110469796-0.2810696657171.42509614807-0.00108925880804-0.263603859078-0.0265430137210.0194745354607-0.0511517400064-0.310904315624-0.0111426801310.5918655731510.03769079274930.2514918294170.0248165500047-0.00551591240890.4823433113680.001599707036370.22770747649150.8894329267-0.27342708430535.9190817454
31.23390270112-0.506360971896-0.1255039024270.754338482241-0.2847132768531.52627439287-0.0841711883474-0.0426080537471-0.0547298290556-0.1890627386660.07261320329450.1013017410590.315456150091-0.1750288032160.006343793978550.506150038405-0.06110948743230.02894805203060.219673478015-0.03594769898350.27776607699225.9608227565-18.38930256737.7227207306
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 18 through 1201)AA - B18 - 12011
22(chain 'B' and resid 19 through 427)BD19 - 4271 - 405
33(chain 'C' and resid 19 through 430)CF19 - 4301 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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