PDB-7zl5: Azosemide in complex with Carbonic Anhydrase I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zl5

タイトル

Azosemide in complex with Carbonic Anhydrase I

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / inhibitor / metalloenzyme / azosemide / loop diuretic

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2022
タイトル: Sulfonamide diuretic azosemide as an efficient carbonic anhydrase inhibitor
著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / Pinteala, M. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zl5.cif.gz	126.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zl5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zl5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zl5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7zl5_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	7zl5_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zl6C 1jv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.230, 71.780, 120.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IWE / Azosemide / 2-chloranyl-5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)-4-(thiophen-2-ylmethylamino)benzenesulfonamide / アゾセミド分子量: 370.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁ClN₆O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.479→46.289 Å / Num. obs: 92506 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.48 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 24.43
反射シェル	解像度: 1.479→1.52 Å / 冗長度: 12.35 % / R_merge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 6748 / CC_1/2: 0.872 / R_rim(I) all: 1.286 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JV0

1jv0

解像度: 1.479→46.289 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.592 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2139	4583	4.954 %
R_work	0.1843	87922	-
all	0.186	-	-
obs	-	92505	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.341 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.479→46.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4016	0	52	373	4441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.639	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.586	8783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.526	5	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.194	23.707	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.343	15	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.407	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.065	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.208	2.441	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.204	2.44	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.003	3.658	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.005	3.66	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.588	2.765	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.578	2.765	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.124	4.011	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.129	4.012	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.084	29.68	4662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.078	29.674	4662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.479-1.517	0.314	333	0.298	6411	X-RAY DIFFRACTION	99.8963
1.517-1.559	0.272	340	0.272	6248	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
1.559-1.604	0.277	318	0.253	6107	X-RAY DIFFRACTION	99.9844
1.604-1.653	0.262	320	0.232	5915	X-RAY DIFFRACTION	99.984
1.653-1.708	0.256	323	0.221	5745	X-RAY DIFFRACTION	99.967
1.708-1.767	0.262	286	0.208	5558	X-RAY DIFFRACTION	99.9487
1.767-1.834	0.231	271	0.203	5358	X-RAY DIFFRACTION	99.929
1.834-1.909	0.227	265	0.197	5182	X-RAY DIFFRACTION	99.9083
1.909-1.994	0.241	271	0.197	4985	X-RAY DIFFRACTION	99.981
1.994-2.091	0.227	224	0.2	4776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.204	0.237	221	0.199	4574	X-RAY DIFFRACTION	99.9375
2.204-2.337	0.2	215	0.186	4317	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.337-2.498	0.218	210	0.175	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.698	0.228	191	0.175	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.9497
2.698-2.955	0.196	192	0.18	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.9456
2.955-3.303	0.215	159	0.179	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.9702
3.303-3.812	0.217	148	0.174	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.9664
3.812-4.665	0.155	136	0.141	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.9209
4.665-6.578	0.175	99	0.159	1910	X-RAY DIFFRACTION	99.9006
6.578-46.289	0.213	61	0.177	1126	X-RAY DIFFRACTION	99.6641

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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