PDB-7zl6: Azosemide in complex with human Carbonic anhydrase II (hCA II)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zl6

タイトル

Azosemide in complex with human Carbonic anhydrase II (hCA II)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / inhibitors / metalloenzyme / azosemide / loop diuteric

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.383 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2022
タイトル: Sulfonamide diuretic azosemide as an efficient carbonic anhydrase inhibitor
著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / Pinteala, M. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zl6.cif.gz	76.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zl6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zl6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zl6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7zl6_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	7zl6_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zl5C 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.640, 41.580, 72.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.522, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-IWE / Azosemide / 2-chloranyl-5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)-4-(thiophen-2-ylmethylamino)benzenesulfonamide / アゾセミド分子量: 370.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁ClN₆O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 50 mM Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→40.265 Å / Num. obs: 46185 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 18.54
反射シェル	解像度: 1.38→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 2129 / CC_1/2: 0.744 / R_rim(I) all: 0.744

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.383→40.265 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.947 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	2235	4.839 %
R_work	0.1614	43950	-
all	0.163	-	-
obs	-	46185	91.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.028 Å²	-0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	0.026 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.383→40.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2053	0	24	219	2296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.641	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.451	1.599	4671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.157	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.779	23.704	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.432	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.63	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.767	1.646	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.759	1.643	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.596	2.468	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.599	2.473	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.78	1.91	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.778	1.91	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.128	2.754	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.127	2.754	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.009	19.623	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.011	19.641	2390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.383-1.419	0.241	115	0.237	2011	X-RAY DIFFRACTION	57.584
1.419-1.458	0.244	166	0.222	2604	X-RAY DIFFRACTION	77.2448
1.458-1.5	0.241	169	0.21	3043	X-RAY DIFFRACTION	92.0608
1.5-1.546	0.226	133	0.186	3099	X-RAY DIFFRACTION	94.5582
1.546-1.597	0.198	130	0.169	3011	X-RAY DIFFRACTION	94.8083
1.597-1.653	0.194	145	0.161	2848	X-RAY DIFFRACTION	94.0603
1.653-1.715	0.183	122	0.16	2825	X-RAY DIFFRACTION	95.744
1.715-1.785	0.192	142	0.153	2700	X-RAY DIFFRACTION	96.0135
1.785-1.865	0.176	126	0.156	2639	X-RAY DIFFRACTION	96.3415
1.865-1.955	0.196	142	0.157	2450	X-RAY DIFFRACTION	95.3642
1.955-2.061	0.199	124	0.16	2411	X-RAY DIFFRACTION	96.9407
2.061-2.186	0.178	105	0.161	2276	X-RAY DIFFRACTION	97.2631
2.186-2.337	0.159	100	0.149	2131	X-RAY DIFFRACTION	97.3811
2.337-2.524	0.174	104	0.154	2007	X-RAY DIFFRACTION	97.5959
2.524-2.764	0.193	82	0.157	1877	X-RAY DIFFRACTION	98.1955
2.764-3.09	0.211	96	0.168	1683	X-RAY DIFFRACTION	98.0706
3.09-3.567	0.196	98	0.163	1474	X-RAY DIFFRACTION	98.0661
3.567-4.366	0.128	66	0.135	1268	X-RAY DIFFRACTION	98.5957
4.366-6.162	0.16	40	0.156	1021	X-RAY DIFFRACTION	98.8816
6.162-40.265	0.188	30	0.192	572	X-RAY DIFFRACTION	98.0456

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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