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万見
- PDB-7z6q: Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6q
タイトルCryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria
要素
  • (Photosystem P840 reaction ...) x 2
  • Bacteriochlorophyll ...
  • Cytochrome c
  • P840 reaction center 17 kDa protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / reaction centre / electron transport / energy transfer / green sulfur bacterium / membrane protein / light-harvesting protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein ...Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / CHLOROPHYLL A / Chem-F39 / Bacteriochlorophyll A isomer / Chem-IKV / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / CHLOROPHYLL A / Chem-F39 / Bacteriochlorophyll A isomer / Chem-IKV / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / P840 reaction center 17 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, H. / Tsiotis, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the whole photosynthetic reaction center apparatus from the green sulfur bacterium .
著者: Hao Xie / Alexandros Lyratzakis / Radhika Khera / Myrto Koutantou / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Georgios Tsiotis /
要旨: Light energy absorption and transfer are very important processes in photosynthesis. In green sulfur bacteria light is absorbed primarily by the chlorosomes and its energy is transferred via the ...Light energy absorption and transfer are very important processes in photosynthesis. In green sulfur bacteria light is absorbed primarily by the chlorosomes and its energy is transferred via the Fenna-Matthews-Olson (FMO) proteins to a homodimeric reaction center (RC). Here, we report the cryogenic electron microscopic structure of the intact FMO-RC apparatus from at 2.5 Å resolution. The FMO-RC apparatus presents an asymmetric architecture and contains two FMO trimers that show different interaction patterns with the RC core. Furthermore, the two permanently bound transmembrane subunits PscC, which donate electrons to the special pair, interact only with the two large PscA subunits. This structure fills an important gap in our understanding of the transfer of energy from antenna to the electron transport chain of this RC and the transfer of electrons from reduced sulfur compounds to the special pair.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem P840 reaction center, large subunit
B: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
C: Cytochrome c
D: P840 reaction center 17 kDa protein
E: Bacteriochlorophyll a protein
F: Bacteriochlorophyll a protein
G: Bacteriochlorophyll a protein
H: Bacteriochlorophyll a protein
I: Bacteriochlorophyll a protein
J: Bacteriochlorophyll a protein
a: Photosystem P840 reaction center, large subunit
c: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,592103
ポリマ－491,28712
非ポリマー78,30591
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem P840 reaction ... , 2種, 3分子 AaB

#1: タンパク質 Photosystem P840 reaction center, large subunit


分子量: 81784.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY0
#2: タンパク質 Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein


分子量: 23540.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY1

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タンパク質 , 2種, 3分子 CcD

#3: タンパク質 Cytochrome c / Cytochrome c-z / Cyt c-z / Photosystem P840 reaction center cytochrome c-551


分子量: 22741.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: O07091
#4: タンパク質 P840 reaction center 17 kDa protein


分子量: 16633.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KEP5

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Bacteriochlorophyll ... , 1種, 6分子 EFGHIJ

#5: タンパク質
Bacteriochlorophyll a protein / BCP / BChl a protein / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein


分子量: 40343.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q46393

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非ポリマー , 9種, 101分子

#6: 化合物 ChemComp-GS0 / Bacteriochlorophyll A isomer


分子量: 911.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-F39 / [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate


分子量: 895.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H86O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物 ChemComp-IKV / [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate


分子量: 731.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem P840 reaction center / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.49 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン横: 4092 / 縦: 5769

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10Coot0.8.9.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4791019
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 481095 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13ENI

3eni

1
25V8K

5v8k

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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