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- PDB-7yh9: Crystal structure of IMP-1 MBL in complex with 3-(4-benzyl-1H-1,2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yh9 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of IMP-1 MBL in complex with 3-(4-benzyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)phthalic acid | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase class B IMP-1 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Metallo-Beta-lactamase class IMP-1 / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, G.-B. / Yan, Y.-H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Metal binding pharmacophore click-derived discovery of new broad-spectrum metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Yan, Y.H. / Ding, H.S. / Zhu, K.R. / Mu, B.S. / Zheng, Y. / Huang, M.Y. / Zhou, C. / Li, W.F. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 271.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 218.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7yhaC ![]() 7yhbC ![]() 7yhcC ![]() 7yhdC ![]() 1ddkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24205.635 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Pseudomonas aeruginosa / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-IT0 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 20-28% PEG8000, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 195 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→50 Å / Num. obs: 58118 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1DDK Resolution: 2.39→48.97 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.69 Å2 / Biso mean: 34.6081 Å2 / Biso min: 13.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.39→48.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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