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- PDB-7yca: Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yca
タイトルCryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 6
  • (Photosystem I ...) x 12
  • Lhca1
  • Lhca6
  • PSI subunit V
  • PsaG
  • PsaO
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Complex / Electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IWJ / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-NEX ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IWJ / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-NEX / PHYLLOQUINONE / Chem-Q6L / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Unnamed product / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-G / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Shan, J. / Sheng, X. / Ishii, A. / Watanabe, A. / Song, C. / Murata, K. / Minagawa, J. / Liu, Z.
資金援助 日本, 中国, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04778 and 21H05040 日本
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 and YSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers.
著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa /
要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Lhca1
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Lhca6
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction centre subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: PsaG
H: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I PsaG/PsaK protein
L: PSI subunit V
M: Photosystem I reaction center subunit XII
N: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N
O: PsaO
P: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Q: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
T: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
U: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
V: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
W: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
X: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,076,390479
ポリマ－715,92830
非ポリマー360,462449
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 16GLO

#1: タンパク質 Lhca1


分子量: 24128.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9U3
#6: タンパク質 Lhca6


分子量: 26742.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A1Y5IA87
#13: タンパク質 PsaG


分子量: 14124.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q019T9
#18: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 21526.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A090M7B0
#21: タンパク質 PsaO


分子量: 15020.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A096P9N0

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 13分子 2345PRSTUVWXQ

#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26404.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A454XUD2
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29432.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9U5
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25924.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9V1
#5: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23401.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A090M1L8
#22: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24689.807 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9U7
#23: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24161.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A090LYE8

-
Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFHIJKMN

#7: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83249.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3K1, photosystem I
#8: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 81421.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3K2, photosystem I
#9: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8751.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3P1, photosystem I
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic


分子量: 20560.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A1Y5I5Y8
#11: タンパク質 Photosystem I reaction centre subunit IV


分子量: 11278.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A454XT75
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 24593.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q01B61
#14: タンパク質 Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI


分子量: 17797.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A096PAU9
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3766.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3K0
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4731.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3J4
#17: タンパク質 Photosystem I PsaG/PsaK protein


分子量: 13573.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A096P8E8
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3413.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q0P3J8
#20: タンパク質 Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N


分子量: 14405.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: A0A090N3J0

-
糖 , 1種, 2分子

#36: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 15種, 451分子

#24: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物...
ChemComp-IWJ / (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one / Prasinoxanthin


分子量: 600.870 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#28: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物...
ChemComp-Q6L / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol


分子量: 570.887 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H58O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#31: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#32: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#33: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C31H46O2
#35: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#37: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#38: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物) / 株: OTH95 / 細胞内の位置: thylakoid membrane / Organelle: chloroplast
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択Template picker was used to automatically select particle images
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
5MotionCorr21.3CTF補正
8UCSF Chimera1.16モデルフィッティングUCSF Chimera was used to maunnally fit model and map
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化Phenix 1.19. 2 was used to automatically refined in real space
画像処理詳細: The selected images were normalized
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 5288217
詳細: Template picker was used to automatically select particle images
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80366 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110.967 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then Wincoot was usd for flexible fitting
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
15ZJI

5zji

A5ZJIA1
25ZJI

5zji

B5ZJIB1
35ZJI

5zji

C5ZJIC1
45ZJI

5zji

D5ZJID1
55ZJI

5zji

E5ZJIE1
65ZJI

5zji

F5ZJIF1
75ZJI

5zji

G5ZJIG1
85ZJI

5zji

H5ZJIH1
95ZJI

5zji

I5ZJII1
105ZJI

5zji

J5ZJIJ1
115ZJI

5zji

K5ZJIK1
125ZJI

5zji

L5ZJIL1
135ZJI

5zji

O5ZJIO1
147D0J

7d0j

Q7D0JQ2
157D0J

7d0j

P7D0JP2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01268761
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.65998641
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.38511647
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0838110
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01113006

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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