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- PDB-7xwr: Human Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xwr
タイトルHuman Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex with (S)-2-(2-chloro-4-hydroxyphenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile
要素
  • Estrogen receptor beta
  • SRC peptide
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Inhibitor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear estrogen receptor activity / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / : / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear estrogen receptor activity / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / : / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I2B / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.164 Å
データ登録者Furuya, N. / Handa, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Evaluating the correlation of binding affinities between isothermal titration calorimetry and fragment molecular orbital method of estrogen receptor beta with diarylpropionitrile (DPN) or DPN derivatives.
著者: Handa, C. / Yamazaki, Y. / Yonekubo, S. / Furuya, N. / Momose, T. / Ozawa, T. / Furuishi, T. / Fukuzawa, K. / Yonemochi, E.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.journal_volume / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: SRC peptide
D: SRC peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7266
ポリマ－58,1784
非ポリマー5472
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.436, 89.226, 101.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27702.578 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: C334S,C369S,C481S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド SRC peptide


分子量: 1386.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-I2B / (2~{S})-2-(2-chloranyl-4-oxidanyl-phenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile


分子量: 273.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12ClNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-20% PEG3350, 100 mM BisTris pH6.5, 200 mM Magnesium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→46.633 Å / Num. obs: 25917 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.937 / Rmerge(I) obs: 0.451 / Rpim(I) all: 0.288 / Rrim(I) all: 0.537 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 2.186 / Num. unique obs: 2196 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 1.499 / Rrim(I) all: 2.664

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2giu

2giu


解像度: 2.164→46.633 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.338 / WRfactor Rwork: 0.264 / SU B: 12.339 / SU ML: 0.294 / Average fsc free: 0.7829 / Average fsc work: 0.8042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.269 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3178 1294 5.008 %RANDOM
Rwork0.2614 24546 --
all0.264 ---
obs-25840 98.955 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.579 Å2-0 Å20 Å2
2---9.383 Å20 Å2
3---5.804 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.164→46.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 38 25 3593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.6174897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.5728139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88222.941136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10215665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.23143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21768
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2930.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.5010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2452.7841853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2442.7831852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5814.1552304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5814.1552305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4322.9721774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4322.9721775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9374.3552593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9364.3542594
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.79832.5764117
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.79832.5774115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.164-2.220.373910.3761751X-RAY DIFFRACTION98.2924
2.22-2.2810.317930.3431761X-RAY DIFFRACTION98.617
2.281-2.3470.391690.3081701X-RAY DIFFRACTION99.4941
2.347-2.4190.309980.3041645X-RAY DIFFRACTION99.0341
2.419-2.4990.319820.281605X-RAY DIFFRACTION99.0605
2.499-2.5860.292850.2751550X-RAY DIFFRACTION99.3921
2.586-2.6840.326790.2781472X-RAY DIFFRACTION98.6014
2.684-2.7930.304620.2781474X-RAY DIFFRACTION99.0968
2.793-2.9170.321720.2511382X-RAY DIFFRACTION98.7101
2.917-3.060.366600.231337X-RAY DIFFRACTION98.8677
3.06-3.2250.32790.2591251X-RAY DIFFRACTION99.032
3.225-3.420.301680.2381188X-RAY DIFFRACTION99.1318
3.42-3.6560.329750.2271121X-RAY DIFFRACTION98.5985
3.656-3.9490.311700.2291050X-RAY DIFFRACTION99.115
3.949-4.3250.262470.217991X-RAY DIFFRACTION99.3301
4.325-4.8340.3440.198906X-RAY DIFFRACTION99.2685
4.834-5.580.301360.232799X-RAY DIFFRACTION99.1686
5.58-6.8290.434410.269688X-RAY DIFFRACTION99.7264
6.829-9.6360.291290.199547X-RAY DIFFRACTION99.4819
9.636-46.6330.199140.219327X-RAY DIFFRACTION96.6006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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