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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xej | ||||||
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タイトル | SufS with D-cysteine for 5 min | ||||||
要素 | Cysteine desulfurase SufS | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamiura, R. / Fujishiro, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: X-ray crystallographic snapshots of the thioazolidine formation upon the PLP during inhibition of SufS by D-cysteine 著者: Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xej.cif.gz | 184.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xej.ent.gz | 143.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xej_validation.pdf.gz | 871.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xej_full_validation.pdf.gz | 880.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xej_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xej_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46586.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase |
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-非ポリマー , 5種, 394分子
#2: 化合物 | ChemComp-9PV / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM Lithium sulfate, 50% (v/v) PEG200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.74→46.45 Å / Num. obs: 66778 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.153 % / Biso Wilson estimate: 36.921 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 19.05 / Num. measured all: 677985 / Scaling rejects: 57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZS9 解像度: 1.74→46.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.888 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.06 Å2 / Biso mean: 35.484 Å2 / Biso min: 17.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→46.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.785 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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