PDB-7w6f: Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w6f

タイトル

Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in complex with 6-nonylresorcylic acid

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / olivetolic acid cyclase / polypeptide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cannabinoid biosynthetic process / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2022
タイトル: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs.
著者: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w6f.cif.gz	178.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w6f.ent.gz	117.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7w6f_validation.pdf.gz	814.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w6f_full_validation.pdf.gz	816.1 KB	表示
XML形式データ	7w6f_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7w6f_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w6dC 7w6eC 7w6gC 5b08S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w6e-d 7w6d-d 1wt5-2 3hf5-2 3gp3-4 2cbq-3 4l1h-2 43ca-1 6nk2-1 5e2f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

ヘテロ分子

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.849, 39.317, 43.005
Angle α, β, γ (deg.)	70.909, 76.378, 67.383
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12195.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物	ChemComp-8I6 / 2-nonyl-4,6-bis(oxidanyl)benzoic acid 分子量: 280.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→40.32 Å / Num. obs: 47509 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.08 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1188 / CC_1/2: 0.884 / R_rim(I) all: 0.43 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.58→40.32 Å / SU ML: 0.1476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 17.0396
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1686	2320	4.88 %
R_work	0.1476	45189	-
obs	0.1486	47509	93.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→40.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1758	0	6	260	2024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	1904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0072	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.1297	701

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.61	0.2834	119	0.2282	2513	X-RAY DIFFRACTION	89.1
1.61-1.65	0.2778	119	0.2261	2652	X-RAY DIFFRACTION	90.79
1.65-1.69	0.2323	155	0.2152	2632	X-RAY DIFFRACTION	92.47
1.69-1.73	0.2268	138	0.2048	2618	X-RAY DIFFRACTION	92.3
1.73-1.77	0.1988	137	0.2017	2684	X-RAY DIFFRACTION	92.92
1.77-1.83	0.2507	146	0.1857	2655	X-RAY DIFFRACTION	94.18
1.83-1.89	0.1787	151	0.1645	2620	X-RAY DIFFRACTION	92.8
1.89-1.95	0.162	132	0.1506	2692	X-RAY DIFFRACTION	94.01
1.95-2.03	0.1943	165	0.1444	2671	X-RAY DIFFRACTION	94.03
2.03-2.12	0.1683	128	0.1391	2695	X-RAY DIFFRACTION	94.73
2.12-2.24	0.1963	131	0.1394	2713	X-RAY DIFFRACTION	94.55
2.24-2.38	0.1701	136	0.1365	2706	X-RAY DIFFRACTION	94.04
2.38-2.56	0.1743	133	0.1401	2678	X-RAY DIFFRACTION	94.9
2.56-2.82	0.1624	108	0.1433	2748	X-RAY DIFFRACTION	94.13
2.82-3.22	0.1618	157	0.1347	2643	X-RAY DIFFRACTION	94.02
3.22-4.06	0.1205	140	0.1194	2724	X-RAY DIFFRACTION	94.4
4.06-40.32	0.1304	125	0.1379	2545	X-RAY DIFFRACTION	89.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0859897070504	0.0676743097071	0.0629353592524	0.118916607824	0.0414837790471	0.171095674634	-0.0158003494958	-0.0100369210764	0.0579938846295	0.0167168551859	0.0588205220403	-0.0392066712986	0.00894161847829	0.0311849871217	0.0220454685978	0.0979756388005	0.0185304036594	0.000164849088569	0.106359528453	0.0120607233158	0.119184169633	12.6492857186	12.2845446647	12.420875693
2	0.0756918773268	0.0632988504015	-0.03999932048	0.0831985852659	-0.0307617645702	0.0612631995281	-0.0578104920375	-0.23524700512	0.177396812035	0.114872633424	0.137734165578	-0.0762027418476	-0.0228648833648	0.0239512712607	0.00719096085162	0.126240716436	0.0110171595047	-0.00320765950168	0.111267809991	0.00313488585346	0.110330993638	11.8819966385	12.2849790163	24.3150778305
3	0.0796337940041	0.0421821495007	-0.157084698541	0.0309114409822	-0.0212408796411	0.139318708079	-0.0810867617963	-0.0712330546772	0.116561700913	0.270491079312	0.0719272649976	-0.18053869022	0.00553131174332	0.188646465378	0.00956642025652	0.126197245222	0.0234441649611	-0.0302229951102	0.132631272335	0.011920955848	0.114523166413	20.0846435361	9.66284478711	17.9564026036
4	0.176926654622	-0.0168365160179	-0.291573968708	0.368538769408	-0.057693673737	0.493648027015	-0.00322275120694	0.0347785408043	0.0247534931169	-0.0215688508671	-0.00811398499095	0.00914871245677	0.0526794358952	-0.024241905077	-0.00466497416225	0.0943875285987	0.00779831192304	-0.00878007055494	0.104887622194	0.00950983307866	0.119946294289	12.2175835984	9.3455561778	11.595725782
5	0.106176386036	-0.064961267328	-0.107407191533	0.131981061759	-0.0484928073899	0.0985607650493	0.0453857932398	0.0473601634702	-0.0964319708698	0.01039085273	0.0429505328796	-0.0507625376621	0.103852000157	-0.0393856590742	5.72057261426E-5	0.14345170051	-0.0149011649277	-0.00586298321062	0.131183433471	-0.000967510561322	0.128225496113	16.2929289929	18.9470630512	-0.33684461157
6	0.0579851661046	-0.0436410708165	-0.10912644741	0.308011888121	-0.00807678725013	0.240998912733	0.0437351054054	-0.0229818143397	-0.0486434694171	0.0317850288451	0.289626983684	-0.505790367803	0.0269187148145	0.339008611166	0.023713433894	0.15050303879	-0.000907517502501	0.0119772194487	0.142020870211	-0.0267276270943	0.154392862346	24.1197014798	22.2305138386	-8.17569971531
7	0.133577181817	-0.142525082682	-0.0749652025535	0.12159898626	-0.100399977405	0.0989032078478	-0.0945197538956	-0.00330022287972	0.221648454492	-0.18692543376	0.0619856143	-0.0207482774597	0.0312611455059	-0.0373038903015	7.14456682633E-5	0.110614416194	-0.0149326388678	-0.00588164259828	0.1055672378	-0.00750814397442	0.15436429707	14.5511593608	9.89797640763	0.0726846649289
8	0.0744777101329	0.110964607357	0.0184858872263	0.0875437235241	0.102706025051	0.023156106146	0.0347801530748	0.0130891627906	-0.04679885753	-0.0188375932704	-0.0265711952827	-0.173994468085	-0.056587026455	0.0400795750829	-0.00063888777755	0.108519865747	-0.0202658172742	0.00149667401365	0.093768622954	-0.00514330293834	0.115502081343	20.4537926539	27.9411983373	2.44875619192
9	0.192049969331	0.122221361212	-0.0624941041245	0.337796409504	0.167669050418	0.130754005982	-0.0217064612047	-0.0170927325754	-0.0559191562898	-0.029428165462	-0.0139843925595	-0.0396589156137	-0.0187813635871	-0.0167327073168	-0.0119942931246	0.109371508247	-0.0145977342938	-0.00341568792479	0.136023064458	0.00517016075555	0.0913323879595	14.6223634908	23.4699526739	-2.50856516782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -2 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 17 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 56 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 57 through 75 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 76 through 101 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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