ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2_4158精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6L8Z 解像度: 2.1→42.24 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2295 | 1455 | 5.13 % |
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Rwork | 0.1884 | 26933 | - |
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obs | 0.1905 | 28388 | 99.82 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 86.43 Å2 / Biso mean: 22.728 Å2 / Biso min: 9.28 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→42.24 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3338 | 0 | 53 | 46 | 3437 |
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Biso mean | - | - | 40.22 | 19.58 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 439 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.1-2.18 | 0.2518 | 146 | 0.1945 | 2668 | 2814 | 100 | 2.18-2.26 | 0.2562 | 150 | 0.1958 | 2688 | 2838 | 100 | 2.26-2.37 | 0.2357 | 132 | 0.2039 | 2686 | 2818 | 100 | 2.37-2.49 | 0.2845 | 142 | 0.2004 | 2693 | 2835 | 100 | 2.49-2.65 | 0.2536 | 138 | 0.2054 | 2686 | 2824 | 100 | 2.65-2.85 | 0.2424 | 156 | 0.2119 | 2695 | 2851 | 100 | 2.85-3.14 | 0.2347 | 136 | 0.2014 | 2666 | 2802 | 100 | 3.14-3.59 | 0.2395 | 166 | 0.1916 | 2679 | 2845 | 99 | 3.59-4.52 | 0.1995 | 142 | 0.165 | 2717 | 2859 | 100 | 4.52-42.24 | 0.1937 | 147 | 0.172 | 2755 | 2902 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 39.3571 Å / Origin y: 27.4822 Å / Origin z: 42.3791 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1204 Å2 | 0.0202 Å2 | -0.0001 Å2 | - | 0.1058 Å2 | -0.0159 Å2 | - | - | 0.1127 Å2 |
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L | 0.491 °2 | 0.2526 °2 | 0.1994 °2 | - | 0.4304 °2 | 0.3887 °2 | - | - | 0.5027 °2 |
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S | -0.0308 Å ° | -0.0484 Å ° | 0.0033 Å ° | -0.0446 Å ° | -0.0237 Å ° | -0.0089 Å ° | -0.0395 Å ° | -0.0379 Å ° | -0.0041 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA0 - 477 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA501 - 502 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 293 | | | | | | |
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