PDB-7v12: Factor XIa in Complex with Compound 2f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v12

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 2f

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.631 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Spurlino, J. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v12.cif.gz	115.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v12.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v12_validation.pdf.gz	776.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v12_full_validation.pdf.gz	777.7 KB	表示
XML形式データ	7v12_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	7v12_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v0zC 7v10C 7v11C 7v13C 7v14C 7v15C 7v16C 7v17C 7v18C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.604, 59.627, 66.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-OR0 / 5-[1-[(1~{R})-1-[5-[3-chloranyl-2-fluoranyl-6-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-1-oxidanyl-pyridin-2-yl]-2-cyclopropyl-ethyl]pyrazol-4-yl]-6-fluoranyl-pyridin-2-amine 分子量: 535.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₀ClF₂N₉O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 25830 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 2.237 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 89404

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.63-1.66	2.4	0.847	1007	0.541	0.638	1.067	1.339	68.2
1.66-1.69	2.6	0.714	1028	0.561	0.523	0.89	1.273	70.8
1.69-1.72	2.7	0.615	1064	0.682	0.439	0.76	1.353	72.2
1.72-1.76	2.7	0.555	1100	0.728	0.397	0.686	1.284	74.4
1.76-1.79	2.7	0.453	1093	0.788	0.32	0.558	1.289	75
1.79-1.84	2.8	0.374	1120	0.858	0.262	0.459	1.376	76.6
1.84-1.88	2.8	0.35	1143	0.881	0.247	0.43	1.396	77.9
1.88-1.93	2.8	0.281	1192	0.893	0.197	0.345	1.666	80.3
1.93-1.99	2.9	0.25	1231	0.935	0.172	0.305	1.535	83
1.99-2.05	2.9	0.214	1251	0.939	0.147	0.261	1.7	85.5
2.05-2.13	2.9	0.18	1301	0.947	0.122	0.218	1.984	88
2.13-2.21	2.9	0.156	1353	0.964	0.106	0.189	1.856	90.9
2.21-2.31	3	0.144	1362	0.969	0.096	0.174	2.183	92.5
2.31-2.43	3.2	0.129	1467	0.976	0.084	0.155	2.096	97.9
2.43-2.59	3.4	0.115	1465	0.982	0.073	0.137	2.216	99
2.59-2.79	3.7	0.109	1502	0.984	0.064	0.126	2.502	99.3
2.79-3.07	4.4	0.093	1498	0.989	0.049	0.106	2.614	99.2
3.07-3.51	5.3	0.074	1485	0.992	0.035	0.082	2.985	98.3
3.51-4.42	5.8	0.061	1539	0.996	0.028	0.067	3.095	99.7
4.42-50	5.1	0.056	1629	0.995	0.027	0.063	2.81	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.631→41.796 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	1982	7.69 %
R_work	0.1835	23804	-
obs	0.1866	25786	86.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.63 Å² / B_iso mean: 21.6644 Å² / B_iso min: 6.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.631→41.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	76	112	2063
B_iso mean	-	-	26.51	27.14	-
残基数	-	-	-	-	236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.795	1163

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6315-1.6723	0.3449	108	0.3205	1347	69
1.6723-1.7175	0.3631	113	0.2701	1388	73
1.7175-1.768	0.3155	126	0.2409	1420	74
1.768-1.8251	0.2351	113	0.2114	1474	76
1.8251-1.8903	0.2219	128	0.2032	1509	78
1.8903-1.966	0.25	134	0.1922	1575	81
1.966-2.0555	0.2201	139	0.1832	1649	85
2.0555-2.1639	0.248	138	0.1923	1733	89
2.1639-2.2994	0.2192	146	0.1866	1800	92
2.2994-2.4769	0.2425	166	0.1889	1918	98
2.4769-2.7262	0.2463	161	0.1891	1946	99
2.7262-3.1205	0.2142	167	0.1924	1961	99
3.1205-3.9311	0.208	168	0.1582	1990	99
3.9311-41.796	0.1876	175	0.161	2094	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9069	-0.0035	0.1816	0.996	0.2797	0.4463	-0.0169	-0.0224	-0.1128	0.0634	-0.0048	0.1049	0.1026	-0.0005	-0.0007	0.1044	0.002	0.0175	0.1029	0.004	0.0997	-22.8504	-15.4101	13.223
2	0.2395	-0.0854	0.0772	0.0875	0.0306	0.0685	-0.0536	-0.0495	0.3234	0.0577	0.1449	0.0209	-0.1536	-0.0213	0.002	0.1497	-0.0159	0.0224	0.1243	0.0056	0.1614	-19.5822	1.5086	15.7211
3	1.0654	0.0125	-0.3776	0.5098	0.1212	0.8596	0.0565	-0.0941	0.0268	0.0299	0.049	-0.1254	-0.04	0.1599	0.1958	0.0862	0.001	0.0019	0.0995	-0.0186	0.1004	-9.0513	-6.1884	11.9057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 388 through 491 )	A	388 - 491
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 492 through 518 )	A	492 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 519 through 623 )	A	519 - 623

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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