PDB-7v11: Factor XIa in Complex with Compound 2e

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v11

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 2e

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / serine-type peptidase activity / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.472 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v11.cif.gz	117.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v11.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v0zC 7v10C 7v12C 7v13C 7v14C 7v15C 7v16C 7v17C 7v18C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.615, 59.614, 66.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-OQO / 5-[1-[(1~{R})-1-[5-[3-chloranyl-2-fluoranyl-6-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-1-oxidanyl-pyridin-2-yl]-2-cyclopropyl-ethyl]pyrazol-4-yl]-6-methyl-pyridin-2-amine 分子量: 531.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₃ClFN₉O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.472→35.658 Å / Num. obs: 39335 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.449 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 17.18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.472-1.52	6.421	0.923	1.98	18166	2904	2829	0.697	1.004	97.4
1.52-1.56	5.977	0.744	2.39	16543	2836	2768	0.79	0.816	97.6
1.56-1.6	6.45	0.574	3.31	17569	2783	2724	0.889	0.624	97.9
1.6-1.65	6.792	0.444	4.32	17673	2659	2602	0.931	0.48	97.9
1.65-1.71	6.736	0.349	5.43	17344	2627	2575	0.959	0.378	98
1.71-1.77	6.678	0.275	6.81	16509	2518	2472	0.972	0.299	98.2
1.77-1.83	6.635	0.2	9.11	15858	2423	2390	0.985	0.216	98.6
1.83-1.91	6.252	0.151	11.19	14593	2360	2334	0.989	0.165	98.9
1.91-1.99	6.207	0.113	14.61	13954	2272	2248	0.994	0.124	98.9
1.99-2.09	6.843	0.086	19.21	14514	2152	2121	0.996	0.093	98.6
2.09-2.2	6.815	0.07	23.01	13957	2057	2048	0.997	0.076	99.6
2.2-2.34	6.613	0.062	25.95	12830	1958	1940	0.998	0.067	99.1
2.34-2.5	6.474	0.056	28.35	11860	1843	1832	0.998	0.061	99.4
2.5-2.7	5.949	0.051	29.56	10078	1716	1694	0.998	0.056	98.7
2.7-2.95	6.139	0.045	33.67	9662	1586	1574	0.998	0.05	99.2
2.95-3.3	6.594	0.037	41.52	9482	1450	1438	0.999	0.04	99.2
3.3-3.81	6.499	0.033	46.71	8319	1295	1280	0.999	0.036	98.8
3.81-4.67	6.061	0.029	48.85	6637	1106	1095	0.999	0.032	99
4.67-6.61	5.773	0.026	47.2	4976	871	862	0.999	0.029	99
6.61-35.658	6.147	0.024	48.81	3129	520	509	1	0.027	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS	1_10_2014	データ削減
XSCALE	1_10_2014	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.472→35.658 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	4027	10.24 %
R_work	0.1553	35305	-
obs	0.1574	39332	95.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.58 Å² / B_iso mean: 23.4503 Å² / B_iso min: 10.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.472→35.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	51	213	2139
B_iso mean	-	-	29	35.26	-
残基数	-	-	-	-	236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.57	2748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.137	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.729	745

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4721-1.4894	0.2383	56	0.2325	443	36
1.4894-1.5076	0.2755	122	0.2405	1034	84
1.5076-1.5267	0.2541	152	0.2235	1200	97
1.5267-1.5468	0.2621	139	0.2301	1219	98
1.5468-1.568	0.2239	149	0.1972	1213	97
1.568-1.5904	0.2143	157	0.1873	1214	98
1.5904-1.6141	0.2395	168	0.1776	1176	97
1.6141-1.6393	0.1976	143	0.1754	1225	98
1.6393-1.6662	0.2113	127	0.1729	1263	98
1.6662-1.6949	0.2168	142	0.1582	1212	98
1.6949-1.7257	0.1921	136	0.1718	1237	98
1.7257-1.7589	0.1882	123	0.1657	1282	98
1.7589-1.7948	0.1963	119	0.1623	1269	99
1.7948-1.8339	0.1973	144	0.15	1214	99
1.8339-1.8765	0.1898	140	0.1559	1241	98
1.8765-1.9234	0.1624	154	0.1461	1251	98
1.9234-1.9754	0.1624	163	0.139	1201	99
1.9754-2.0336	0.1739	133	0.1371	1268	99
2.0336-2.0992	0.1557	146	0.141	1247	99
2.0992-2.1742	0.1629	152	0.1519	1239	99
2.1742-2.2612	0.208	128	0.1538	1276	99
2.2612-2.3641	0.1662	158	0.1562	1269	99
2.3641-2.4888	0.1862	120	0.154	1294	99
2.4888-2.6446	0.1862	159	0.1549	1229	99
2.6446-2.8488	0.1861	110	0.1616	1313	99
2.8488-3.1353	0.153	158	0.1558	1271	99
3.1353-3.5886	0.1707	168	0.1403	1279	99
3.5886-4.5198	0.132	116	0.1343	1334	99
4.5198-35.658	0.1706	145	0.1666	1392	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.1999 Å / Origin y: -1.5148 Å / Origin z: 3.5715 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1056 Å²	0.0106 Å²	0.0035 Å²	-	0.0892 Å²	-0.0024 Å²	-	-	0.0867 Å²
L	1.2413 °²	0.1297 °²	-0.1178 °²	-	1.5111 °²	0.1672 °²	-	-	0.9187 °²
S	0.0277 Å °	0.0295 Å °	0.0384 Å °	-0.0415 Å °	0.0101 Å °	0.0203 Å °	-0.0408 Å °	0.0163 Å °	-0.0306 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain 'A' and resid 388 through 623)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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