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- PDB-7uw6: The co-crystal structure of low molecular weight protein tyrosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uw6
タイトルThe co-crystal structure of low molecular weight protein tyrosine phosphatase (LMW-PTP) with a small molecule inhibitor SPAA-2
要素Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / low molecular weight protein tyrosine phosphatase / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight, mammalian / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OIF / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wang, J. / Zhang, Z.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA207288 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)RO1 069202 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Design of Active-Site-Directed, Highly Potent, Selective, and Orally Bioavailable Low-Molecular-Weight Protein Tyrosine Phosphatase Inhibitors.
著者: He, R. / Wang, J. / Yu, Z.H. / Moyers, J.S. / Michael, M.D. / Durham, T.B. / Cramer, J.W. / Qian, Y. / Lin, A. / Wu, L. / Noinaj, N. / Barrett, D.G. / Zhang, Z.Y.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3782
ポリマ－20,1061
非ポリマー2721
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.873, 54.566, 95.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / LMW-PTP / LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase ...LMW-PTP / LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase / Red cell acid phosphatase 1


分子量: 20105.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: L35 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P24666, protein-tyrosine-phosphatase, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-OIF / 2-[(1,3-benzothiazol-2-yl)amino]-2-oxoethane-1-sulfonic acid


分子量: 272.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The crystallization buffer grid is 25-30% PEGME 5000 in 100 mM Bis-Tris, pH 6.0-6.5. The final concentration of the ligand in the crystallization solution is 1 mM.
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29659 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.692 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 123876
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.5340.000114670.474199.4
1.53-1.554.10.000114690.487199.9
1.55-1.584.10.85714730.496199.9
1.58-1.624.20.76114600.531199.8
1.62-1.654.10.62314640.5111100
1.65-1.694.10.49814870.517199.8
1.69-1.734.10.40114620.557199.9
1.73-1.784.10.3414560.566199.6
1.78-1.834.10.26815000.585199.8
1.83-1.894.20.19714640.662199.5
1.89-1.964.20.16214800.763199.3
1.96-2.044.20.12614910.8541100
2.04-2.134.20.10614560.923199.2
2.13-2.244.20.09114830.964199
2.24-2.384.20.07814840.928198.9
2.38-2.564.20.06414831.03198.6
2.56-2.824.30.04715031.007198.8
2.82-3.234.30.03114930.731197.4
3.23-4.074.30.02215160.595197.9
4.07-504.10.02215680.597194.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3777精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5PNT

5pnt


解像度: 1.5→21.82 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 2000 6.76 %
Rwork0.1611 27607 -
obs0.1633 29607 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.52 Å2 / Biso mean: 28.6135 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→21.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 25 219 1474
Biso mean--22.22 42.21 -
残基数----154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.540.33391400.29221938207899
1.54-1.580.30021440.271319712115100
1.58-1.630.27071390.239119322071100
1.63-1.680.23581410.211519472088100
1.68-1.740.25111450.196819872132100
1.74-1.810.2251410.195119622103100
1.81-1.890.19891420.168219532095100
1.89-1.990.17191420.156819542096100
1.99-2.110.21491430.15861976211999
2.11-2.280.20531430.16211971211499
2.28-2.510.18041420.16131978212098
2.51-2.870.22941450.16731987213299
2.87-3.610.16131430.15231989213298
3.61-21.820.17131500.13422062221296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44930.4853-0.03162.20240.65081.79940.0674-0.0282-0.02870.05810.0462-0.1624-0.11710.1224-0.1180.19110.0215-0.02770.1715-0.01350.184418.1651-3.120913.5174
22.21542.83530.53546.53542.84121.9350.2535-0.1439-0.15470.5504-0.0007-0.42930.05610.1857-0.23190.28260.009-0.08080.2277-0.0260.222820.7419-2.656420.8262
31.698-0.25540.15151.3007-0.06631.4110.06570.1776-0.18620.0066-0.0093-0.3085-0.0060.1008-0.04250.16540.0235-0.02160.1934-0.04790.209620.1686-9.62216.9979
41.48290.5405-0.07791.33-0.33592.06270.05050.0595-0.12430.0270.05530.12570.0444-0.3059-0.10120.18410.0258-0.03950.2461-0.00420.20044.6261-11.582313.917
51.69370.3845-0.0761.08390.34491.28020.03580.26590.2052-0.1633-0.07710.0963-0.3529-0.31980.01640.25170.0952-0.04070.24720.01850.25298.34160.1285.2049
62.1850.5288-0.38961.7661-0.13953.12630.0290.02110.40620.03710.068-0.0032-0.5248-0.0716-0.14380.28640.0501-0.01350.18970.00890.30314.0854.75938.6367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 32 )A4 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 45 )A33 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 84 )A46 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 111 )A85 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 134 )A112 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 157 )A135 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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