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Yorodumi- PDB-7uaw: Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uaw | ||||||
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Title | Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with 1''-2' gcADPR | ||||||
Components | ABC transporter ATPase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Anti-Thoeris / Immune Evasion / signal sequestration | ||||||
Function / homology | Chem-MF6 / ABC transporter ATPase Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Lu, A. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Garb, J. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022 Title: Viruses inhibit TIR gcADPR signalling to overcome bacterial defence. Authors: Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Lu, A. / Garb, J. / Herbst, E. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Antine, S.P. / Sun, Z.J. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uaw.cif.gz | 146.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7uaw.ent.gz | 95.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uaw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7uaw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7uaw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7uaw_validation.xml.gz | 15 KB | Display | |
Data in CIF | 7uaw_validation.cif.gz | 21.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uaw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7uavC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14331.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Gene: FDB51_07880 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A846JTD7 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M MES pH 5.0, 1% PEG-6000, and 300 uM gcADPR |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 4, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→48.45 Å / Num. obs: 35067 / % possible obs: 99.24 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 1759 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.566 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: D_1000263859 Resolution: 1.72→48.45 Å / SU ML: 0.2121 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.5076 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→48.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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