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- PDB-7tnh: Crystal structure of CSF1R kinase domain in complex with DP-6233 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tnh
タイトルCrystal structure of CSF1R kinase domain in complex with DP-6233
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor,Fibroblast growth factor receptor 1 chimera
キーワードTRANSFERASE / human CSR1R kinase / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / CSF1-CSF1R complex / forebrain neuron differentiation / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of macrophage migration / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / CSF1-CSF1R complex / forebrain neuron differentiation / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of macrophage migration / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of phosphate transport / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / mesenchymal cell proliferation / microglial cell proliferation / positive regulation of phospholipase activity / receptor-receptor interaction / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / auditory receptor cell development / cell-cell junction maintenance / paraxial mesoderm development / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / organ induction / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / fibroblast growth factor receptor activity / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / host-mediated activation of viral process / lung-associated mesenchyme development / ruffle organization / cell projection assembly / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / regulation of bone resorption / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / ureteric bud development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / skeletal system morphogenesis / Other interleukin signaling / positive regulation of cell motility / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / inner ear morphogenesis / middle ear morphogenesis / Formation of paraxial mesoderm / growth factor binding / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of MAP kinase activity / cytokine binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of cell differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / macrophage differentiation / regulation of MAPK cascade / fibroblast growth factor binding / hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / monocyte differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of chemokine production / peptidyl-tyrosine phosphorylation / FRS-mediated FGFR1 signaling / cell maturation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / osteoclast differentiation / SH2 domain binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / stem cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I9W / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Arakaki, T.L. / Chun, L. / Flynn, D.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of acyl ureas as highly selective small molecule CSF1R kinase inhibitors.
著者: Caldwell, T.M. / Kaufman, M.D. / Wise, S.C. / Mi Ahn, Y. / Hood, M.M. / Lu, W.P. / Patt, W.C. / Samarakoon, T. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Yates, K.M. / Bulfer, S.L. / Le Bourdonnec, B. / ...著者: Caldwell, T.M. / Kaufman, M.D. / Wise, S.C. / Mi Ahn, Y. / Hood, M.M. / Lu, W.P. / Patt, W.C. / Samarakoon, T. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Yates, K.M. / Bulfer, S.L. / Le Bourdonnec, B. / Smith, B.D. / Flynn, D.L.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor,Fibroblast growth factor receptor 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0837
ポリマ－38,5101
非ポリマー5736
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.080, 81.080, 146.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

CL

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor,Fibroblast growth factor receptor 1 chimera / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms / FGFR-1 / Basic fibroblast ...CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 38509.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CSF1R residues 549-922 with the native KID substituted with the KID of FGFR
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CSF1R, FMS, FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR
プラスミド: VCID 7143 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P07333, UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-I9W / 2,2-dimethyl-N-[(6-methyl-5-{[2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyridin-4-yl]oxy}pyridin-2-yl)carbamoyl]propanamide


分子量: 408.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CSF1R at 10.7 mg/mL in 50 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol with 5-fold excess of arylamide compound against 10% PEG 10,000, 0.1 M MES pH 6.5 and 0.1 M magnesium acetate soaked over ...詳細: CSF1R at 10.7 mg/mL in 50 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol with 5-fold excess of arylamide compound against 10% PEG 10,000, 0.1 M MES pH 6.5 and 0.1 M magnesium acetate soaked over two nights with 1 mM DP-6233 and 20% ethylene glycol as cryo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40.57 Å / Num. obs: 9752 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge F obs: 0.115 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 19.95 / Num. measured all: 31405
反射 シェル解像度: 2.7→40.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge F obs: 0.014 / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 305 / Num. possible: 114 / Num. unique obs: 99 / Rrim(I) all: 0.018 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I0Y

2i0y


解像度: 2.7→40.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 33.582 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.97 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 471 4.8 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 9749 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.87 Å2 / Biso mean: 71.98 Å2 / Biso min: 30.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.89 Å2-2.89 Å2-0 Å2
2---2.89 Å20 Å2
3---9.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→40.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 35 9 2122
Biso mean--73.83 53.59 -
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9572939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74834437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.985274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6123.6984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05715299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.143158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 33 -
Rwork0.295 674 -
all-707 -
obs--99.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.614 Å / Origin y: 28.356 Å / Origin z: -0.932 Å
111213212223313233
T0.1638 Å2-0.0078 Å2-0.0441 Å2-0.1714 Å20.0058 Å2--0.0247 Å2
L0.8525 °21.2751 °2-0.4921 °2-3.5195 °2-0.6809 °2--0.6488 °2
S0.2064 Å °-0.0548 Å °-0.1359 Å °0.0683 Å °-0.2615 Å °-0.163 Å °-0.0632 Å °0.1072 Å °0.0551 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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