PDB-7t9d: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with -(-) limo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t9d

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with -(-) limonene oxide

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

de Serran, V.S. / Ghiladi, R.A. / Malewschik, T. / Yun, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes
著者: Malewschik, T. / de Serrano, V. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t9d.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t9d.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t9d_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t9d_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7t9d_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7t9d_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sjbC 7sjcC 7sjdC 7sjeC 7sjfC 7sjgC 7sjhC 7sjiC 7t9cC 7t9eC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.657, 66.492, 68.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 148分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-GHI / (1S,4S,6R)-1-methyl-4-(prop-1-en-2-yl)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / -(-) limonene oxide / (1S,4S,6R)-1-メチル-4-イソプロペニル-7-オキサビシクロ[4.1.0]ヘプタン分子量: 152.233 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→34.193 Å / Num. obs: 31407 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.66→1.703 Å / Num. unique obs: 2247 / CC_1/2: 0.447

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.66→34.193 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.701 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	1602	5.101 %
R_work	0.1659	29805	-
all	0.169	-	-
obs	-	31407	97.314 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.979 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.295 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.274 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→34.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	164	135	2431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.692	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.568	1.65	5822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.364	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.897	23.113	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.554	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.866	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.229	0.2	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.499	1.867	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.431	1.865	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.207	2.819	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.213	2.821	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.788	2.481	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.592	2.461	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.093	3.586	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.741	3.556	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.077	25.545	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.031	25.347	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.791	3	5292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.703	0.311	110	0.231	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.6196
1.703-1.75	0.265	107	0.202	2173	X-RAY DIFFRACTION	99.6503
1.75-1.8	0.273	102	0.191	2116	X-RAY DIFFRACTION	99.6406
1.8-1.856	0.262	101	0.168	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.581
1.856-1.916	0.264	129	0.153	1973	X-RAY DIFFRACTION	99.6209
1.916-1.984	0.253	106	0.147	1883	X-RAY DIFFRACTION	98.4653
1.984-2.058	0.252	103	0.148	1775	X-RAY DIFFRACTION	95.6212
2.058-2.142	0.241	100	0.151	1809	X-RAY DIFFRACTION	99.5827
2.142-2.237	0.188	92	0.134	1707	X-RAY DIFFRACTION	99.5573
2.237-2.346	0.204	96	0.136	1647	X-RAY DIFFRACTION	99.3729
2.346-2.473	0.213	76	0.132	1559	X-RAY DIFFRACTION	98.6723
2.473-2.622	0.226	90	0.134	1451	X-RAY DIFFRACTION	97.7792
2.622-2.803	0.213	71	0.144	1376	X-RAY DIFFRACTION	96.5955
2.803-3.026	0.247	52	0.147	1282	X-RAY DIFFRACTION	95.8333
3.026-3.314	0.228	70	0.167	1141	X-RAY DIFFRACTION	94.4618
3.314-3.703	0.239	56	0.17	979	X-RAY DIFFRACTION	87.7863
3.703-4.271	0.21	43	0.164	885	X-RAY DIFFRACTION	89.4027
4.271-5.221	0.217	44	0.184	755	X-RAY DIFFRACTION	88.9755
5.221-7.34	0.251	33	0.23	636	X-RAY DIFFRACTION	93.1755
7.34-34.193	0.276	21	0.265	369	X-RAY DIFFRACTION	90.2778

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0198	0.0125	-0.0022	0.0491	-0.0457	0.048	-0.0023	0.0029	0.002	-0.0044	0.0024	0.0011	0.001	0.0008	-0.0002	0.0702	-0.0001	-0.0005	0.044	-0.0003	0.0008	5.872	-2.4099	21.3795
2	0.0297	0.0031	0.014	0.0156	-0.0225	0.0482	-0.0027	0.0026	0.0004	0.0049	-0.0013	-0.0022	-0.0067	-0.0041	0.0039	0.0693	0.0002	-0.0001	0.0421	0.0005	0.0004	-21.1499	-4.6595	19.3045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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