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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sjh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with S-(-)-limonene | ||||||
要素 | Dehaloperoxidase B | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Amphitrite ornata (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T. / Yun, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes 著者: Malewschick, T. / Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sjh.cif.gz | 136.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sjh.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7sjbC 7sjcC 7sjdC 7sjeC 7sjfC 7sjgC 7sjiC 7t9cC 7t9dC 7t9eC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9NAV7 |
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-非ポリマー , 5種, 123分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | Ligand 9IU occupies density that is close to the position of H55 in its alternate conformation. The ...Ligand 9IU occupies density that is close to the position of H55 in its alternate conformation. The occupancies of the alternate conformations reflect the fact. In the fraction where the ligand is bound, reflected by the occupancy of the ligand, H55 is in the conformation facing outside of the distal side of the heme pocket, with the same occupancy as the bound ligand. When the ligand is not bound, H55 can occupy the inside conformation, also reflected by its occupancy. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→37.38 Å / Num. obs: 22814 / % possible obs: 97.91 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.918 Å / Num. unique obs: 1621 / CC1/2: 0.846 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IXF 解像度: 1.87→37.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.97 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.874 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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