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万見
- PDB-7s87: Crystal Structure of Dihydroorotate dehydrogenase from Plasmodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s87
タイトルCrystal Structure of Dihydroorotate dehydrogenase from Plasmodium falciparum in complex with Orotate, FMN, and inhibitor NCGC00600348-01
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / DHODH / TIM Barrel / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8IE / ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / polyethylene glycol / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Dihydroorotate dehydrogenase from Plasmodium falciparum in complex with Orotate, FMN, and inhibitor NCGC00600348-01
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Shek, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Eastman, R. / Van Voorhis, W.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,25214
ポリマ－90,7722
非ポリマー3,48112
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.726, 161.093, 92.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

ACT

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A155 - 205
121(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A208 - 373
131(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A384 - 535
141(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A556
151(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A571
161(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A573
171(chain 'A' and (resid 155 through 192 or (resid 193...A593
281(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B155 - 205
291(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B208 - 373
2101(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B384 - 535
2111(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B556
2121(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B571
2131(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B573
2141(chain 'B' and ((resid 155 through 156 and (name N...B593

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45385.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 7種, 91分子

#2: 化合物
ChemComp-8IE / (4R)-3-methyl-5-[(4R)-4-methyl-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]thieno[2,3-e][1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidine


分子量: 335.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.16 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 18% PEG4000, 10 mM DTT. Protein was co-crystallized with 2 mM DHOD, 5 mM NCGC00600348-01. cryo: 25% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→98.6 Å / Num. obs: 24145 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3084 / CC1/2: 0.847 / Rrim(I) all: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VTY

6vty


解像度: 2.75→67.5 Å / SU ML: 0.3197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8738 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1251 5.18 %
Rwork0.1698 22885 -
obs0.1728 24136 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→67.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5672 0 204 79 5955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00556000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95268154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.25394063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.860.36281450.26742487X-RAY DIFFRACTION98.32
2.86-2.990.27861510.21292430X-RAY DIFFRACTION94.3
2.99-3.150.2871460.19422474X-RAY DIFFRACTION98.76
3.15-3.350.25991320.18582544X-RAY DIFFRACTION98.78
3.35-3.60.21531250.15962577X-RAY DIFFRACTION98.9
3.6-3.970.21431510.15112527X-RAY DIFFRACTION98.89
3.97-4.540.19411220.14422552X-RAY DIFFRACTION97.27
4.54-5.720.21221440.14892609X-RAY DIFFRACTION99.03
5.72-67.50.20911350.17862685X-RAY DIFFRACTION97.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.283735743830.670984048025-0.1170627544892.77575446866-0.2235583149281.059627103750.0223625243757-0.01866246093670.00880866170990.208150753277-0.121196888210.255045650725-0.0103521760742-0.1666282099610.09487743793680.231731682491-0.01641483280310.004677796126440.250907099324-0.02920945747110.2270222552338.46146.87724.208
21.80706792480.9428125380780.1311689348053.71874023183-0.6595171927011.924771438020.0897551272696-0.1330926750240.07783879321680.460559458831-0.336075976266-0.727862217571-0.4619082811270.3620302566090.1486398840180.450205800471-0.111189962573-0.1453783569150.320940346160.06817223393810.68227162053934.47588.52922.83
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 157:536 OR RESID 601:606 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )A157 - 536
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 157:536 OR RESID 601:606 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )A601 - 606
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 157:536 OR RESID 601:606 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )B601
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 155:536 OR RESID 602:605 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 607:607 )B155 - 536
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 155:536 OR RESID 602:605 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 607:607 )B602 - 605
6X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 155:536 OR RESID 602:605 ) ) OR ( CHAIN A AND RESID 607:607 )A607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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