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- PDB-7s42: Crystal structure of an N-acetyltransferase from Helicobacter pul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s42
タイトルCrystal structure of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum in the presence of Coenzyme A and dTDP-3-acetamido-3,6-dideoxy-D-galactose
要素N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Chem-87Z / COENZYME A
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pullorum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM134643 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Biochemical investigation of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum.
著者: Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,90710
ポリマ－18,1551
非ポリマー1,7529
水4,107228
1
A: N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,72130
ポリマ－54,4643
非ポリマー5,25727
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area14730 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.438, 103.438, 103.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

21A-524-

HOH

31A-528-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-acetyltransferase


分子量: 18154.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pullorum (バクテリア)
株: NAP8W25 / 遺伝子: BA919_rs02330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 237分子

#2: 化合物 ChemComp-87Z / [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-acetamido-6-methyl-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl] [[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 589.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N3O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 11-18% PEG-3350, 200 mM KCl, 5 mM dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-galactose, 5 mM acetyl coenzyme A, 100 mM HEPPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 40420 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 7761 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7s3u

7s3u


解像度: 1.35→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.605 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1485 2140 5.3 %RANDOM
Rwork0.1316 ---
obs0.1325 38280 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.61 Å2 / Biso mean: 9.516 Å2 / Biso min: 2.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 0 63 228 1446
Biso mean--14.32 24.28 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.7461809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.6382893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2255170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.79824.80852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74715221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.92153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3850.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02237
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 158 -
Rwork0.223 2819 -
all-2977 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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