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- PDB-7rn5: Discovery of an Anion-Dependent Farnesyltransferase Inhibitor fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rn5
タイトルDiscovery of an Anion-Dependent Farnesyltransferase Inhibitor from a Phenotypic Screen
要素
  • Protein farnesyltransferase subunit beta
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / regulation of fibroblast proliferation / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-60I / ACETYL GROUP / PYROPHOSPHATE / Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Hruza, A. / Strickland, C.L.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2021
タイトル: Discovery of an Anion-Dependent Farnesyltransferase Inhibitor from a Phenotypic Screen.
著者: Bukhtiyarova, M. / Cook, E.M. / Hancock, P.J. / Hruza, A.W. / Shaw, A.W. / Adam, G.C. / Barnard, R.J.O. / McKenna, P.M. / Holloway, M.K. / Bell, I.M. / Carroll, S. / Cornella-Taracido, I. / ...著者: Bukhtiyarova, M. / Cook, E.M. / Hancock, P.J. / Hruza, A.W. / Shaw, A.W. / Adam, G.C. / Barnard, R.J.O. / McKenna, P.M. / Holloway, M.K. / Bell, I.M. / Carroll, S. / Cornella-Taracido, I. / Cox, C.D. / Kutchukian, P.S. / Powell, D.A. / Strickland, C. / Trotter, B.W. / Tudor, M. / Wolkenberg, S. / Li, J. / Tellers, D.M.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Protein farnesyltransferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5878
ポリマ－92,8082
非ポリマー7786
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.115, 171.115, 69.184
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha ...CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha / Type I protein geranyl-geranyltransferase subunit alpha / GGTase-I-alpha


分子量: 44086.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質 Protein farnesyltransferase subunit beta / FTase-beta / CAAX farnesyltransferase subunit beta / Ras proteins prenyltransferase subunit beta


分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase

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非ポリマー , 6種, 296分子

#3: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-60I / [4-[[3-(2,2-dimethylpropyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]piperazin-1-yl]-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)methanone


分子量: 422.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H34N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H4O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, KCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→34 Å / Num. obs: 52959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.287 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 525 / Rsym value: 1.434 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
XDSSeptember 2データ削減
Aimless0.5.9データスケーリング
autoPROC6.5.データスケーリング
MOLREP11.3.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O5M

1o5m


解像度: 2.28→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 2676 -RANDOM
Rwork0.1692 ---
obs0.1705 52931 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3371 Å20 Å20 Å2
2---3.3371 Å20 Å2
3---6.6741 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5843 0 48 290 6181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811868HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8621403HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3499SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1968HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6086HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion737SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9006SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.01
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 47 -
Rwork0.1952 --
obs0.1956 1059 99.81 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16450.16520.0892.2053-0.50270.83960.0432-0.0275-0.0524-0.0275-0.07340.1552-0.05240.15520.0302-0.1197-0.0180.0121-0.1261-0.0074-0.1962197.8403120.228526.7561
21.56280.24540.15741.4343-0.07671.02370.12650.2285-0.05620.2285-0.16-0.0268-0.0562-0.02680.0335-0.0233-0.05310.0432-0.0837-0.0254-0.1678182.9733119.14338.9926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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