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- PDB-7r75: Structure of human SHP2 in complex with compound 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r75
タイトルStructure of human SHP2 in complex with compound 16
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Phosphatase / Inhibitor / Shp2 / Allosteric / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion / cerebellar cortex formation / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Interleukin-37 signaling / negative regulation of chondrocyte differentiation / Signaling by Leptin / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / Signal regulatory protein family interactions / peptide hormone receptor binding / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of type I interferon production / organ growth / triglyceride metabolic process / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / Interleukin-20 family signaling / GAB1 signalosome / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / Prolactin receptor signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK3 (ERK1) activation / PECAM1 interactions / MAPK1 (ERK2) activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Bergmann glial cell differentiation / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / phosphoprotein phosphatase activity / inner ear development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / cellular response to epidermal growth factor stimulus / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / PI3K Cascade / PD-1 signaling / regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of insulin secretion / hormone-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / GPVI-mediated activation cascade / cell adhesion molecule binding / T cell costimulation / FLT3 Signaling / positive regulation of interferon-beta production / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / protein dephosphorylation / positive regulation of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine kinase binding / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / axonogenesis / DNA damage checkpoint signaling / protein tyrosine phosphatase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / insulin receptor binding / Spry regulation of FGF signaling / brain development
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33I / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Cross, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of 6-[(3 S ,4 S )-4-Amino-3-methyl-2-oxa-8-azaspiro[4.5]decan-8-yl]-3-(2,3-dichlorophenyl)-2-methyl-3,4-dihydropyrimidin-4-one (IACS-15414), a Potent and Orally Bioavailable SHP2 Inhibitor.
著者: Czako, B. / Sun, Y. / McAfoos, T. / Cross, J.B. / Leonard, P.G. / Burke, J.P. / Carroll, C.L. / Feng, N. / Harris, A.L. / Jiang, Y. / Kang, Z. / Kovacs, J.J. / Mandal, P. / Meyers, B.A. / ...著者: Czako, B. / Sun, Y. / McAfoos, T. / Cross, J.B. / Leonard, P.G. / Burke, J.P. / Carroll, C.L. / Feng, N. / Harris, A.L. / Jiang, Y. / Kang, Z. / Kovacs, J.J. / Mandal, P. / Meyers, B.A. / Mseeh, F. / Parker, C.A. / Yu, S.S. / Williams, C.C. / Wu, Q. / Di Francesco, M.E. / Draetta, G. / Heffernan, T. / Marszalek, J.R. / Kohl, N.E. / Jones, P.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8502
ポリマ－61,4911
非ポリマー3591
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.620, 53.350, 215.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 61491.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-33I / 6-(4-amino-4-methylpiperidin-1-yl)-3-(3-chlorophenyl)-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one


分子量: 358.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 300 mM potassium formate, 14% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115867 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→53.96 Å / Num. obs: 10445 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 48.24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 71394 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.83-2.986.81.158982614470.640.4661.2521.787.9
8.94-53.9680.06135874500.9980.0210.06421.999.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.93 Å53.96 Å
Translation6.93 Å53.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.19.1-4122-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2SHP

2shp


解像度: 2.83→53.96 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 568 5.46 %
Rwork0.2249 9829 -
obs0.2283 10397 89.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.44 Å2 / Biso mean: 45.1935 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.83→53.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3993 0 25 0 4018
Biso mean--35.12 --
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4665527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0671542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003714
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.83-3.110.37191170.29452334245187
3.11-3.560.29751610.252307246886
3.56-4.480.30651340.2062380251487
4.49-53.960.24921560.2072808296497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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