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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r5x | |||||||||
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タイトル | Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OUL211) | |||||||||
要素 | (Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosylation / Enzyme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å | |||||||||
データ登録者 | Sowa, S.T. / Lehtio, L. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: [1,2,4]Triazolo[3,4- b ]benzothiazole Scaffold as Versatile Nicotinamide Mimic Allowing Nanomolar Inhibition of Different PARP Enzymes. 著者: Murthy, S. / Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Vagaggini, C. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Ashok, Y. / Venkannagari, H. / Prunskaite- ...著者: Murthy, S. / Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Vagaggini, C. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Ashok, Y. / Venkannagari, H. / Prunskaite-Hyyrylainen, R. / Dreassi, E. / Luscher, B. / Korn, P. / Tabarrini, O. / Lehtio, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r5x.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r5x.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7r5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r5x_validation.pdf.gz | 958.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r5x_full_validation.pdf.gz | 959.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7r5x_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r5x_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r3lC 7r3oC 7r3zC 7r4aC 7r59C 7r5dC 7z1vC 7z1wC 7z1yC 7z2oC 7z2qC 7z41C 5owsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 AAABBBAB
#1: タンパク質 | 分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 178分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Tris pH=8.5, 200mM Lithium Sulphate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92023 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92023 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36379 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 3591 / CC1/2: 0.871 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OWS 解像度: 2.052→48.542 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.736 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.436 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.052→48.542 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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